More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4532 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  639    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 283 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  37.08 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 274 aa  155  6e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 		 279 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 280 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 314 aa  134  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 277 aa  132  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 281 aa  132  6e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 282 aa  132  9e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  34.41 
 
 		 285 aa  131  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  30.97 
 
 		 279 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  33.8 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  29.89 
 
 		 280 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  33.7 
 
 		 279 aa  126  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 280 aa  125  9e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 272 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  35.25 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 279 aa  116  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 272 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  30.45 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 310 aa  106  4e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  31.41 
 
 		 285 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  26.79 
 
 		 287 aa  102  8e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 284 aa  102  9e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  30.32 
 
 		 285 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 292 aa  99.4  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  31.45 
 
 		 288 aa  96.7  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 287 aa  95.1  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  28.21 
 
 		 290 aa  94.7  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  30.07 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  28.98 
 
 		 279 aa  92  1e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 288 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 299 aa  89.4  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  28.96 
 
 		 272 aa  88.2  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  23.96 
 
 		 290 aa  86.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 285 aa  85.1  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  26.55 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  24.47 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 287 aa  82.4  0.000000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3443  transcriptional regulator, RpiR family  29.43 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  27.05 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3745  transcriptional regulator, RpiR family  27.48 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  26.5 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 289 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  26.69 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  25.81 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  22.93 
 
 		 282 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 290 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  27.92 
 
 		 329 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 337 aa  69.3  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  28.16 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  28.4 
 
 		 280 aa  68.9  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  28.85 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 326 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3609  RpiR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 304 aa  67  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  0.0456005 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 280 aa  66.2  0.0000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  22.56 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 358 aa  65.9  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  29.62 
 
 		 332 aa  65.9  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  27.54 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  21.54 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  24.26 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  22.59 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  23 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>