More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C1331 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  639    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  83.44 
 
 		 314 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  35.48 
 
 		 278 aa  165  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 280 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  36.05 
 
 		 285 aa  155  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  34.05 
 
 		 279 aa  152  8.999999999999999e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 280 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 281 aa  151  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  34.41 
 
 		 279 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 279 aa  139  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 		 280 aa  136  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  34.05 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 272 aa  133  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 274 aa  133  5e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  36.9 
 
 		 296 aa  132  9e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 283 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  28.98 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  27.76 
 
 		 283 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  36.42 
 
 		 272 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 282 aa  96.3  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  28.89 
 
 		 310 aa  82.4  0.000000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  24.83 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 312 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  27.9 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 337 aa  77.4  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  25.44 
 
 		 287 aa  77.4  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  27.86 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  27.8 
 
 		 320 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 314 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 314 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  25.84 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  27.7 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 288 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  29.13 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1255  RpiR family transcriptional regulator  24 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  27.37 
 
 		 279 aa  69.7  0.00000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  26.22 
 
 		 331 aa  69.3  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  27.3 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 276 aa  68.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 297 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 316 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  23.4 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  26.62 
 
 		 331 aa  66.6  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  23.93 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  23 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 358 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  23.93 
 
 		 285 aa  65.5  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  26.24 
 
 		 329 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  23.42 
 
 		 290 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  24.2 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  27.86 
 
 		 327 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 277 aa  62  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  22.7 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  27.49 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  25.91 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  25.08 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  23.27 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  24.26 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  26.05 
 
 		 332 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  24.26 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  24.26 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  24.26 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  24.26 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  30.57 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  26.47 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  24.26 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 305 aa  58.9  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  24.26 
 
 		 296 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>