More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3899 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  623  1e-177  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  40.54 
 
 		 329 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 337 aa  205  7e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  40.78 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 358 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  40.6 
 
 		 332 aa  195  6e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  41.61 
 
 		 327 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 312 aa  179  7e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 319 aa  177  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  39.13 
 
 		 311 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  37.93 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 327 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  36.23 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 324 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  36.39 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 314 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 325 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  28.99 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  29.58 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  30.63 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  25.99 
 
 		 282 aa  99.8  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  30.63 
 
 		 333 aa  90.1  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 304 aa  89.7  6e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 280 aa  88.6  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  28.76 
 
 		 375 aa  87  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  28.76 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  27.08 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 289 aa  87  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 278 aa  86.7  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  29.91 
 
 		 310 aa  85.9  7e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  28.37 
 
 		 293 aa  85.9  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 293 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 293 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 293 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  27.85 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  28.46 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 289 aa  85.5  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  24.55 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  27.76 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  29.37 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  25.6 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 280 aa  78.2  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  27.78 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  26.87 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  27.68 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  31.76 
 
 		 279 aa  75.9  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  29.17 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  25.2 
 
 		 288 aa  75.5  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  25.95 
 
 		 282 aa  74.3  0.000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  29.57 
 
 		 280 aa  73.6  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 276 aa  73.6  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  25.37 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  26.94 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.28 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  29.41 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  29.04 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  29.04 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  21.22 
 
 		 272 aa  72.4  0.000000000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 284 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  29.3 
 
 		 288 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  27.37 
 
 		 285 aa  71.6  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 286 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>