More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3100 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  646    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  85.27 
 
 		 319 aa  534  1e-151  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 317 aa  371  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  59.64 
 
 		 321 aa  337  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 324 aa  334  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  58.8 
 
 		 331 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  58.45 
 
 		 329 aa  323  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  55.86 
 
 		 337 aa  318  7e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  57.84 
 
 		 358 aa  315  7e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  58.16 
 
 		 332 aa  308  5.9999999999999995e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  54.48 
 
 		 312 aa  299  4e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  53.02 
 
 		 313 aa  298  1e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  53.93 
 
 		 316 aa  276  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  53.15 
 
 		 327 aa  271  9e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  51.94 
 
 		 311 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  52.3 
 
 		 314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  51.94 
 
 		 314 aa  269  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 314 aa  269  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  51.94 
 
 		 320 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 314 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 314 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 314 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 327 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 316 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 316 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  52.1 
 
 		 314 aa  235  6e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 338 aa  235  7e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  48.38 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 325 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  29.71 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  27.96 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  28.83 
 
 		 282 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 287 aa  113  5e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.94 
 
 		 286 aa  87  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30 
 
 		 288 aa  85.5  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.31 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.3 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.3 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.3 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.3 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 273 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.06 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  29.48 
 
 		 281 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 278 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.17 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.55 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  27.88 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  24 
 
 		 280 aa  77  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 266 aa  76.6  0.0000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  26.4 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  23.22 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 266 aa  75.5  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  23.32 
 
 		 281 aa  74.7  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.17 
 
 		 285 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.92 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.17 
 
 		 285 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.39 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  25.38 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.72 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.33 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  28.41 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.33 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.33 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.33 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  27.91 
 
 		 333 aa  73.2  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.69 
 
 		 284 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  26.79 
 
 		 288 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 282 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 334 aa  72  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 285 aa  72  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 282 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 319 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.06 
 
 		 284 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 282 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  20.91 
 
 		 272 aa  72  0.00000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 282 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>