261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_3429 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 274 aa  548  1e-155  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  45.13 
 
 		 279 aa  236  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 277 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 314 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 281 aa  235  6e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  49.27 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  43.53 
 
 		 279 aa  223  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 279 aa  222  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  44.4 
 
 		 279 aa  216  4e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  42.45 
 
 		 280 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  45.59 
 
 		 285 aa  201  9.999999999999999e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 272 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  39.11 
 
 		 283 aa  180  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 272 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  35.66 
 
 		 278 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 313 aa  160  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 283 aa  145  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  32.59 
 
 		 272 aa  143  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 280 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 282 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  32.2 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  28.73 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  28.52 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  27.43 
 
 		 285 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.04 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 286 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 286 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  25.48 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  25.32 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  30.43 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  27.2 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  27.2 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  27.2 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.2 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.2 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.2 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.2 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  26.87 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 284 aa  67  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  26.44 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 284 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 298 aa  65.5  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3745  transcriptional regulator, RpiR family  25.74 
 
 		 284 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  28.41 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  23.24 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  26.35 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  25.72 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  25.1 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  24.1 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  24.64 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  24.64 
 
 		 375 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  22.74 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 303 aa  62.4  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 288 aa  62  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 295 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 288 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  24.91 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1111  helix-turn-helix protein RpiR  28.03 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 295 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 295 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  24.71 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.41 
 
 		 288 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.74 
 
 		 289 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3443  transcriptional regulator, RpiR family  25.37 
 
 		 284 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  24.63 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>