276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2059 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  63.16 
 
 		 285 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  62.81 
 
 		 285 aa  354  7.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 293 aa  209  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  44.72 
 
 		 334 aa  178  9e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 299 aa  161  9e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 292 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 292 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 292 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 292 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 292 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 292 aa  146  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  31.85 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  31.11 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 276 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  31.84 
 
 		 314 aa  123  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  31.46 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  32.28 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 287 aa  106  5e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 314 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  23.36 
 
 		 287 aa  94  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 299 aa  93.6  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  23.83 
 
 		 282 aa  89  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  21.22 
 
 		 297 aa  82  0.000000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  26.69 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 286 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  24.44 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 286 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 286 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 286 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 286 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  26.54 
 
 		 288 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  28.62 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  23.79 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  28.57 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  28.57 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  29.54 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  25.97 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 303 aa  65.5  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  26.77 
 
 		 283 aa  63.2  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  25.19 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 316 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 283 aa  62.4  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 298 aa  62.4  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  28.79 
 
 		 284 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  26.55 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 290 aa  61.2  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  28.05 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  20.18 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  20.18 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4303  transcriptional regulator, RpiR family  28.94 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3022  transcriptional regulator, RpiR family  28.9 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2674  transcriptional regulator, RpiR family  28.17 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0539121 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  29.63 
 
 		 279 aa  59.3  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  27.48 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.19 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  27.63 
 
 		 282 aa  58.5  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  22.53 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  26.01 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3018  RpiR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 256 aa  57.4  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 319 aa  57  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>