More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_2674 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_2674  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 293 aa  569  1e-161  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0539121 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  45.05 
 
 		 290 aa  202  5e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2832  RpiR family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.233384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  31.99 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 284 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  32.34 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 284 aa  109  6e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  34.73 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  30.74 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  36.61 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4303  transcriptional regulator, RpiR family  35.88 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  37.08 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  28 
 
 		 284 aa  103  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  28 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 284 aa  100  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  27.65 
 
 		 282 aa  100  3e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  25.86 
 
 		 281 aa  100  4e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  32.71 
 
 		 327 aa  99.8  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.94 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  32.95 
 
 		 299 aa  98.2  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.84 
 
 		 285 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.49 
 
 		 290 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.66 
 
 		 288 aa  96.7  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.84 
 
 		 285 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0338  transcriptional regulator, RpiR family  30.36 
 
 		 282 aa  96.7  5e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 282 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 282 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.49 
 
 		 290 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.49 
 
 		 290 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 282 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  30.91 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 282 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.6 
 
 		 289 aa  94.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 282 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.4 
 
 		 281 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 282 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 280 aa  94  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 278 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 273 aa  93.2  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 280 aa  93.2  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.6 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 270 aa  91.3  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4646  transcriptional regulator, RpiR family  38.13 
 
 		 280 aa  91.3  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.308947  normal  0.465051 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 269 aa  91.3  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 266 aa  89.7  5e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.49 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  26.69 
 
 		 320 aa  89.4  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 292 aa  89  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 292 aa  89  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 266 aa  89  9e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  29.15 
 
 		 288 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  31.97 
 
 		 322 aa  88.2  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  25.79 
 
 		 282 aa  88.2  1e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.7 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  30.17 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 285 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  87  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  26.04 
 
 		 285 aa  87  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.79 
 
 		 285 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  26.79 
 
 		 285 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  33.61 
 
 		 307 aa  86.7  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.84 
 
 		 291 aa  86.3  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  32.43 
 
 		 289 aa  85.9  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  26.79 
 
 		 285 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 282 aa  85.1  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.72 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 285 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.16 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  30.11 
 
 		 285 aa  84.3  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  26.01 
 
 		 285 aa  84.3  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.96 
 
 		 284 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4018  RpiR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 284 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.772645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.43 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.45 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.45 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.41 
 
 		 286 aa  83.2  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  26.35 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.25 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  30.08 
 
 		 312 aa  81.6  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 639 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.75 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 285 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 285 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>