More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_1348 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 307 aa  590  1e-168  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 320 aa  255  7e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  48.65 
 
 		 319 aa  242  5e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  43.49 
 
 		 320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  47.04 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  44.52 
 
 		 304 aa  206  5e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  44.96 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  43.3 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  44.41 
 
 		 291 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  42.2 
 
 		 333 aa  199  7e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  42.81 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  38.41 
 
 		 315 aa  188  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  39.52 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  40.29 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  36.86 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  34.88 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0318  transcriptional regulator, RpiR family  39.16 
 
 		 335 aa  145  6e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  38.27 
 
 		 312 aa  144  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 280 aa  142  7e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  35.4 
 
 		 342 aa  132  7.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  30.47 
 
 		 279 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 284 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  31.62 
 
 		 284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  31.62 
 
 		 284 aa  129  6e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 284 aa  126  5e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  27.6 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  26.14 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 270 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  26.82 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 286 aa  112  6e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  24.37 
 
 		 282 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  30.2 
 
 		 274 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4018  RpiR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.772645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.7 
 
 		 290 aa  109  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 282 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.17 
 
 		 282 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 280 aa  108  2e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 280 aa  108  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0770  transcriptional regulator, RpiR family  37.3 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000975666  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  27.57 
 
 		 273 aa  104  2e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 285 aa  103  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.91 
 
 		 291 aa  103  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.93 
 
 		 285 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  29.64 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  28.93 
 
 		 285 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  29.34 
 
 		 285 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 283 aa  101  2e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.64 
 
 		 287 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  26.52 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  28.93 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  26.71 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  26.57 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 293 aa  99.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 293 aa  99.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 293 aa  99.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  28.19 
 
 		 282 aa  99.4  7e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.41 
 
 		 286 aa  99  9e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 292 aa  99  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 292 aa  98.6  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  25.97 
 
 		 282 aa  99  1e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 292 aa  98.6  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.24 
 
 		 289 aa  97.8  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  22.61 
 
 		 280 aa  97.4  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.48 
 
 		 282 aa  97.4  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.4 
 
 		 288 aa  97.1  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  27.18 
 
 		 287 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.07 
 
 		 289 aa  95.5  9e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 338 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  25.47 
 
 		 320 aa  94.7  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  24.43 
 
 		 284 aa  95.1  1e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 280 aa  94.7  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  25.91 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 288 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  25.91 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 282 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.7 
 
 		 279 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 282 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.7 
 
 		 279 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 282 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.27 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 288 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>