More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_0607 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 280 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 280 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  43.93 
 
 		 280 aa  221  8e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  34.12 
 
 		 284 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  34.12 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 284 aa  169  4e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 284 aa  168  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  34.31 
 
 		 281 aa  161  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 282 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  31.06 
 
 		 320 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 282 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 282 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 282 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 282 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 273 aa  148  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  29.86 
 
 		 281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  31.58 
 
 		 285 aa  147  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  32.71 
 
 		 292 aa  146  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 293 aa  145  5e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  32.81 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 285 aa  142  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 339 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 332 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 339 aa  142  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  29.96 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.35 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 334 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 284 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.1 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.85 
 
 		 289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.51 
 
 		 286 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.81 
 
 		 284 aa  139  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.92 
 
 		 288 aa  139  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.23 
 
 		 284 aa  137  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.23 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.12 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.23 
 
 		 284 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  32.86 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  32.17 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.51 
 
 		 284 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.11 
 
 		 284 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 282 aa  137  3.0000000000000003e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.85 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.37 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 		 315 aa  136  5e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  30.6 
 
 		 293 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 278 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.23 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 292 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.23 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 288 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 288 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 288 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.46 
 
 		 289 aa  135  9e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.23 
 
 		 289 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 288 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 		 284 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 		 286 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 279 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  29.62 
 
 		 284 aa  134  9.999999999999999e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.25 
 
 		 290 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.69 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.42 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 289 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.37 
 
 		 284 aa  132  5e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  33.94 
 
 		 284 aa  132  5e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.04 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.45 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.59 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.97 
 
 		 284 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.09 
 
 		 282 aa  131  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.43 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>