More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_1799 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
309 aa  624  1e-178  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1522  transcriptional regulator, RpiR family  56.36 
 
 
301 aa  321  9.000000000000001e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0181901  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  32.39 
 
 
320 aa  148  9e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  30.3 
 
 
298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
280 aa  143  4e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  30.55 
 
 
284 aa  137  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  30.18 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  30.18 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
284 aa  133  3e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.75 
 
 
290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.75 
 
 
290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  33.79 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.75 
 
 
290 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.56 
 
 
289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.39 
 
 
290 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.94 
 
 
301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.94 
 
 
301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.94 
 
 
289 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  30.41 
 
 
304 aa  129  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.72 
 
 
291 aa  129  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.03 
 
 
289 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.03 
 
 
289 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.03 
 
 
289 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.69 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  30.69 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.69 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  30.69 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.69 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  28.73 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  30.48 
 
 
285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  30.8 
 
 
281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  30.28 
 
 
315 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 
288 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.69 
 
 
289 aa  127  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
280 aa  126  6e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
280 aa  126  6e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.38 
 
 
289 aa  125  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.38 
 
 
289 aa  125  9e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.45 
 
 
290 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  30.77 
 
 
333 aa  124  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
281 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.34 
 
 
308 aa  122  9e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  32.83 
 
 
284 aa  121  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.31 
 
 
289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.34 
 
 
289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.31 
 
 
289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.31 
 
 
289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.31 
 
 
289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30 
 
 
289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.49 
 
 
282 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
296 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.31 
 
 
289 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
289 aa  119  3.9999999999999996e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.03 
 
 
284 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.9 
 
 
290 aa  119  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.34 
 
 
284 aa  119  7e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
292 aa  119  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
292 aa  119  7.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  28.32 
 
 
292 aa  119  7.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.35 
 
 
286 aa  119  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.34 
 
 
289 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.56 
 
 
284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.82 
 
 
285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.34 
 
 
286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  28.67 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.56 
 
 
284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.56 
 
 
284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.56 
 
 
284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.21 
 
 
284 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.56 
 
 
284 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.45 
 
 
284 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.21 
 
 
284 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.21 
 
 
284 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.21 
 
 
284 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.56 
 
 
284 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.21 
 
 
284 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 
282 aa  116  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.28 
 
 
288 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.47 
 
 
285 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.27 
 
 
287 aa  115  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
281 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  29.93 
 
 
288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  32.35 
 
 
281 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
283 aa  114  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
281 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  31.47 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
296 aa  113  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  29.58 
 
 
327 aa  114  3e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.69 
 
 
289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.21 
 
 
284 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.86 
 
 
284 aa  112  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
281 aa  112  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
285 aa  112  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  31.56 
 
 
304 aa  112  7.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>