More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_23060 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  100 
 
 
285 aa  578  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  99.3 
 
 
285 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  86.93 
 
 
289 aa  507  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  87.32 
 
 
289 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  83.51 
 
 
290 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  84.62 
 
 
289 aa  490  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  83.51 
 
 
290 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  83.8 
 
 
290 aa  487  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  83.45 
 
 
290 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  81.98 
 
 
288 aa  478  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  82.33 
 
 
288 aa  479  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  79.93 
 
 
288 aa  463  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  64.18 
 
 
286 aa  376  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  60.93 
 
 
290 aa  360  1e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 
284 aa  333  2e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.68 
 
 
284 aa  332  4e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.04 
 
 
284 aa  331  8e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  58.12 
 
 
289 aa  328  7e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  58.12 
 
 
289 aa  328  7e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  57.76 
 
 
289 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 
289 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  57.76 
 
 
289 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 
289 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  57.76 
 
 
289 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.4 
 
 
289 aa  326  3e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 
289 aa  326  3e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.04 
 
 
289 aa  325  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.04 
 
 
289 aa  325  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.04 
 
 
289 aa  325  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.04 
 
 
289 aa  325  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.04 
 
 
289 aa  325  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.43 
 
 
284 aa  324  9e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.58 
 
 
289 aa  323  2e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 
284 aa  322  4e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 
284 aa  322  4e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.43 
 
 
284 aa  322  4e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.4 
 
 
289 aa  322  4e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 
284 aa  322  4e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.23 
 
 
289 aa  322  5e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 
284 aa  322  6e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.67 
 
 
284 aa  322  6e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.58 
 
 
308 aa  321  7e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.68 
 
 
284 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.23 
 
 
289 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.43 
 
 
284 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.43 
 
 
284 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.43 
 
 
284 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.43 
 
 
284 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.43 
 
 
284 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.43 
 
 
284 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 
301 aa  318  5e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 
301 aa  318  5e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 
289 aa  318  5e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.12 
 
 
284 aa  317  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.32 
 
 
284 aa  317  2e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.96 
 
 
282 aa  316  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.04 
 
 
290 aa  316  3e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  54.96 
 
 
286 aa  315  4e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.07 
 
 
284 aa  314  9e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.83 
 
 
286 aa  308  5e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003760  glucose repressor HexR for Entner-Doudoroff pathway RpiR family  56.52 
 
 
259 aa  305  8.000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.192568  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  53.76 
 
 
288 aa  296  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.23 
 
 
283 aa  296  3e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  45.29 
 
 
288 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  45.29 
 
 
288 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  45.29 
 
 
288 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  45.29 
 
 
288 aa  235  6e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  45.65 
 
 
288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  42.96 
 
 
289 aa  231  8.000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  44.12 
 
 
288 aa  230  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  43.84 
 
 
293 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  43.84 
 
 
293 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  44.2 
 
 
288 aa  229  4e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  44.12 
 
 
288 aa  225  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  44.12 
 
 
288 aa  225  8e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  43.54 
 
 
296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  40.36 
 
 
284 aa  209  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
318 aa  208  9e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  40 
 
 
281 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  40.96 
 
 
338 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  40.71 
 
 
281 aa  201  8e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  40.71 
 
 
281 aa  201  9e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  39.69 
 
 
281 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  41.13 
 
 
273 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  41.28 
 
 
282 aa  196  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
281 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  40 
 
 
323 aa  195  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  38.57 
 
 
281 aa  195  7e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  41.33 
 
 
285 aa  195  9e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
281 aa  194  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
278 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  39.01 
 
 
334 aa  186  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
287 aa  185  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  38.65 
 
 
339 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  38.3 
 
 
339 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  39.07 
 
 
332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  40.43 
 
 
287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>