More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7367 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  100 
 
 		 291 aa  593  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  63.83 
 
 		 287 aa  372  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  41.76 
 
 		 296 aa  226  3e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  41.76 
 
 		 296 aa  226  3e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  41.76 
 
 		 296 aa  226  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  41.76 
 
 		 296 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  41.76 
 
 		 296 aa  226  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  36.59 
 
 		 320 aa  182  6e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  36.4 
 
 		 281 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  37.28 
 
 		 327 aa  176  4e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  35.25 
 
 		 284 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  35.25 
 
 		 284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 284 aa  172  5e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 284 aa  170  3e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 280 aa  169  6e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  34.91 
 
 		 315 aa  169  6e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 284 aa  169  6e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  35.84 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  33.94 
 
 		 333 aa  157  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  34.17 
 
 		 322 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  32.98 
 
 		 299 aa  156  5.0000000000000005e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  34.81 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 289 aa  145  5e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  29.56 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  34.19 
 
 		 279 aa  139  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  29.1 
 
 		 292 aa  139  7e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 284 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  33.45 
 
 		 285 aa  135  8e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 280 aa  132  6e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 280 aa  132  6e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  32.32 
 
 		 319 aa  132  6e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 287 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4018  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 284 aa  132  9e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.772645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  31.58 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  27.94 
 
 		 282 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.07 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  31.85 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 309 aa  129  6e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 279 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  32.69 
 
 		 287 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  34.04 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 287 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 287 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 287 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 338 aa  128  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.08 
 
 		 287 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.08 
 
 		 287 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  30.69 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  32.57 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.71 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  32.69 
 
 		 287 aa  126  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 332 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 339 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 332 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 332 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 332 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 332 aa  125  6e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2377  transcriptional regulator, RpiR family  37.13 
 
 		 170 aa  125  7e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.202782  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 282 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 282 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 282 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.63 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2047  RpiR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 176 aa  124  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.573042  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.63 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1522  transcriptional regulator, RpiR family  29.86 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0181901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.11 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.2 
 
 		 284 aa  124  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 282 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 292 aa  124  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 278 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.35 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 281 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>