More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_2853 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 316 aa  629  1e-179  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  57.59 
 
 		 320 aa  312  5.999999999999999e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  57.54 
 
 		 319 aa  295  9e-79  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  53.68 
 
 		 291 aa  252  6e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  50.18 
 
 		 304 aa  251  8.000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  47.04 
 
 		 307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  45.36 
 
 		 333 aa  232  6e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  49.43 
 
 		 320 aa  231  9e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  45.23 
 
 		 327 aa  224  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  45.67 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  41.58 
 
 		 315 aa  215  7e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  46.55 
 
 		 322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  40.75 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  41.2 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  39.73 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  39.85 
 
 		 285 aa  186  4e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  41.04 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0318  transcriptional regulator, RpiR family  40.32 
 
 		 335 aa  172  5.999999999999999e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 280 aa  161  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  34.81 
 
 		 291 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 289 aa  149  7e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  29.37 
 
 		 281 aa  144  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  36.57 
 
 		 342 aa  144  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 284 aa  143  4e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 284 aa  142  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 284 aa  142  5e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 284 aa  142  8e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  30.11 
 
 		 292 aa  142  8e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.72 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  30.95 
 
 		 279 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 293 aa  132  6.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 274 aa  129  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1522  transcriptional regulator, RpiR family  33 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0181901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 283 aa  125  7e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  30.07 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 285 aa  119  7.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  28.95 
 
 		 282 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 273 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0770  transcriptional regulator, RpiR family  40.52 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000975666  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 286 aa  115  7.999999999999999e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25.7 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 282 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  27.18 
 
 		 286 aa  113  3e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  25.98 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  30.58 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 285 aa  112  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  26.32 
 
 		 282 aa  111  2.0000000000000002e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.04 
 
 		 282 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.04 
 
 		 282 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.04 
 
 		 282 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 642 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 332 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 334 aa  109  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 332 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 332 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 332 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 332 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.68 
 
 		 282 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 638 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  28.74 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.68 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 642 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 282 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 638 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 642 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 642 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 639 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 642 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 282 aa  106  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 642 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 642 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 279 aa  106  5e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 279 aa  106  5e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 318 aa  106  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 282 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 282 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 282 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 641 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 620 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 641 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 620 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>