More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_C2838 on replicon NC_011083
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 
282 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  99.65 
 
 
282 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  99.65 
 
 
282 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  99.65 
 
 
282 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  99.29 
 
 
282 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  86.17 
 
 
282 aa  504  9.999999999999999e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  83.33 
 
 
282 aa  478  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  83.33 
 
 
282 aa  478  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  83.33 
 
 
282 aa  478  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  83.33 
 
 
282 aa  478  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  83.33 
 
 
282 aa  478  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  83.33 
 
 
282 aa  478  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  83.33 
 
 
282 aa  478  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  82.98 
 
 
282 aa  476  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  82.62 
 
 
282 aa  474  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  67.73 
 
 
282 aa  378  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  62.41 
 
 
279 aa  358  5e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  62.41 
 
 
279 aa  358  5e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  62.41 
 
 
279 aa  358  5e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  43.13 
 
 
282 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  39.72 
 
 
283 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  39.5 
 
 
282 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
282 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1259  HTH-type transcription regulator, RpiR family  36.84 
 
 
267 aa  169  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
285 aa  169  6e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.102619 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.56 
 
 
285 aa  169  7e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  35.56 
 
 
285 aa  169  7e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
306 aa  168  9e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
285 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
285 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
285 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  35.56 
 
 
285 aa  166  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  35.56 
 
 
285 aa  166  5e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  35.59 
 
 
285 aa  166  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  30.85 
 
 
279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0338  transcriptional regulator, RpiR family  34.29 
 
 
282 aa  135  8e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  27.44 
 
 
284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  28.03 
 
 
283 aa  129  6e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  30.31 
 
 
284 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
284 aa  125  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
273 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
282 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
278 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
282 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  28.93 
 
 
281 aa  124  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
270 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  30.22 
 
 
304 aa  123  3e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 
315 aa  123  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.4 
 
 
281 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
282 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  30.38 
 
 
284 aa  123  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  26.15 
 
 
280 aa  123  4e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  30.38 
 
 
284 aa  123  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 
284 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
282 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
282 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
282 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  30.08 
 
 
298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
320 aa  120  3e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
280 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
280 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
280 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  29.03 
 
 
319 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  30.04 
 
 
282 aa  119  3.9999999999999996e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.77 
 
 
287 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  31.95 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 
279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
285 aa  116  3e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  28.2 
 
 
320 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 
279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  26.67 
 
 
283 aa  115  6e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  29.55 
 
 
304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  29.81 
 
 
333 aa  112  5e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.43 
 
 
291 aa  112  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.95 
 
 
299 aa  112  9e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  30.04 
 
 
282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  29.37 
 
 
320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 
307 aa  108  8.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
339 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
332 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
318 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  29.68 
 
 
334 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  29.68 
 
 
332 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
332 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
332 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  29.68 
 
 
339 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  29.68 
 
 
332 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
338 aa  106  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  28.62 
 
 
299 aa  104  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.91 
 
 
287 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0178  RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
291 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  28.2 
 
 
293 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0183  helix-turn-helix protein RpiR  27.94 
 
 
291 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
287 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.91 
 
 
287 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.91 
 
 
287 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.91 
 
 
287 aa  103  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  22.76 
 
 
282 aa  103  3e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>