More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_2753 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 304 aa  600  1e-170  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  59.44 
 
 		 291 aa  301  7.000000000000001e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  54.86 
 
 		 320 aa  276  3e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  54.3 
 
 		 319 aa  261  1e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  50.18 
 
 		 316 aa  240  2e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  44 
 
 		 320 aa  212  5.999999999999999e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  43.77 
 
 		 307 aa  211  9e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  41.78 
 
 		 333 aa  201  9.999999999999999e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  41.3 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  42.2 
 
 		 322 aa  192  7e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  40.73 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  42.5 
 
 		 327 aa  191  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  39.01 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  39.58 
 
 		 312 aa  178  8e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  39.21 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  37.2 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 280 aa  159  5e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  38.97 
 
 		 299 aa  159  5e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  32.82 
 
 		 284 aa  155  8e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  32.43 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 284 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0318  transcriptional regulator, RpiR family  37.6 
 
 		 335 aa  135  6.0000000000000005e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  36.55 
 
 		 342 aa  132  5e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  28.03 
 
 		 281 aa  132  6e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 289 aa  126  5e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  32.16 
 
 		 278 aa  126  5e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 284 aa  125  7e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  31.43 
 
 		 279 aa  123  4e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  31.86 
 
 		 291 aa  122  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  32.09 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  24.73 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  25.09 
 
 		 282 aa  122  9.999999999999999e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 281 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1522  transcriptional regulator, RpiR family  33.22 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0181901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 281 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  27.13 
 
 		 280 aa  117  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 282 aa  115  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 292 aa  116  6e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  26.16 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 282 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 282 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  31 
 
 		 282 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  27.64 
 
 		 273 aa  110  3e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 282 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  29.93 
 
 		 293 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 279 aa  109  5e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.78 
 
 		 282 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.78 
 
 		 282 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.78 
 
 		 282 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 281 aa  109  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  27.87 
 
 		 304 aa  108  7.000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  27.17 
 
 		 282 aa  108  8.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.42 
 
 		 287 aa  108  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.41 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.41 
 
 		 282 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.96 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  25.09 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  27.14 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 323 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 339 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.7 
 
 		 282 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0770  transcriptional regulator, RpiR family  37.41 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000975666  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 332 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 280 aa  105  7e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 280 aa  105  7e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 273 aa  105  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 287 aa  103  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  28.91 
 
 		 274 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  25.95 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.19 
 
 		 287 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>