More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2984 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  100 
 
 		 319 aa  618  1e-176  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  93.1 
 
 		 320 aa  565  1e-160  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  57.54 
 
 		 316 aa  291  1e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  54.3 
 
 		 304 aa  268  1e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  54.01 
 
 		 291 aa  257  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  48.65 
 
 		 307 aa  253  3e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  47.16 
 
 		 320 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  44.79 
 
 		 327 aa  225  9e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  45.71 
 
 		 333 aa  224  1e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  41.75 
 
 		 315 aa  222  8e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  45.36 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  45.91 
 
 		 322 aa  215  9e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  41.72 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 280 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  41.36 
 
 		 312 aa  196  5.000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  41.28 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  41.61 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  41.89 
 
 		 285 aa  177  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 284 aa  163  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  32.95 
 
 		 284 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  32.95 
 
 		 284 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  31.9 
 
 		 281 aa  161  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0318  transcriptional regulator, RpiR family  39.69 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  39.21 
 
 		 342 aa  160  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 284 aa  158  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 285 aa  147  3e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  31.65 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.32 
 
 		 291 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 292 aa  142  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 299 aa  142  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  31.67 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 283 aa  139  7e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  30.51 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  30.96 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  31.67 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 284 aa  134  3e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 281 aa  133  5e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  25.71 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 281 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  33.92 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  25.98 
 
 		 282 aa  125  6e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  30.15 
 
 		 282 aa  125  7e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  25.26 
 
 		 282 aa  125  8.000000000000001e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 287 aa  125  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.39 
 
 		 282 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.39 
 
 		 282 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.39 
 
 		 282 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 270 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  24.91 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  30.04 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 284 aa  123  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.79 
 
 		 282 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.04 
 
 		 282 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 285 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 282 aa  122  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 279 aa  122  6e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 279 aa  122  6e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6622  transcriptional regulator, RpiR family  32.87 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360305  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 278 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 285 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 280 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  29.21 
 
 		 283 aa  119  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 296 aa  119  7e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  27.59 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 273 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  29.18 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.34 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5679  transcriptional regulator, RpiR family  32.53 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  35.37 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  29.12 
 
 		 284 aa  118  1.9999999999999998e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  31.21 
 
 		 281 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 282 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 282 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 282 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 282 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 285 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  28.24 
 
 		 285 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.65 
 
 		 287 aa  116  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  28.24 
 
 		 285 aa  116  6e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 282 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>