More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1373 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  100 
 
 		 278 aa  570  1.0000000000000001e-162  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  40.94 
 
 		 274 aa  214  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  36.22 
 
 		 279 aa  155  9e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 286 aa  146  5e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  35.97 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  32 
 
 		 280 aa  139  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  28.63 
 
 		 282 aa  132  5e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 293 aa  128  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 293 aa  128  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 293 aa  128  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  29.21 
 
 		 293 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  32.28 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  32.16 
 
 		 315 aa  126  5e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 292 aa  125  9e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 292 aa  125  9e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  29.13 
 
 		 280 aa  123  3e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  33.2 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  32.55 
 
 		 327 aa  123  4e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 289 aa  122  5e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  32.89 
 
 		 304 aa  122  7e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  31.01 
 
 		 320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  30.59 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 284 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 320 aa  119  7.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  30.31 
 
 		 292 aa  118  9e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  30.23 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 283 aa  115  7.999999999999999e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  30.04 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  33.01 
 
 		 287 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  30.04 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  27.04 
 
 		 272 aa  112  6e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  31.34 
 
 		 342 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  31.91 
 
 		 283 aa  109  6e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  30.95 
 
 		 285 aa  108  8.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 285 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 285 aa  105  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  26.38 
 
 		 282 aa  105  7e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  29.29 
 
 		 285 aa  105  9e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  29.18 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  29.29 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  31.02 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  26.26 
 
 		 281 aa  103  4e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 270 aa  102  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  25.97 
 
 		 282 aa  101  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  25.39 
 
 		 285 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1522  transcriptional regulator, RpiR family  28.3 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0181901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  26.67 
 
 		 291 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0183  helix-turn-helix protein RpiR  25 
 
 		 291 aa  100  4e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0178  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 291 aa  100  4e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.03 
 
 		 285 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  28.03 
 
 		 285 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  25.78 
 
 		 283 aa  99.4  5e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 281 aa  99.4  6e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  27.13 
 
 		 283 aa  99  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 287 aa  96.7  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 281 aa  97.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  26.02 
 
 		 273 aa  96.7  3e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.28 
 
 		 284 aa  96.7  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  26.51 
 
 		 279 aa  96.7  4e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 282 aa  96.7  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0300  RpiR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 266 aa  95.9  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 289 aa  95.9  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0307  hypothetical protein  23.89 
 
 		 266 aa  95.9  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 281 aa  95.9  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 287 aa  95.9  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.1 
 
 		 282 aa  95.9  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 642 aa  95.9  7e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 638 aa  95.5  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 642 aa  95.5  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 642 aa  95.5  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.2 
 
 		 286 aa  95.5  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.34 
 
 		 287 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 642 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  27.35 
 
 		 320 aa  94.7  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 642 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 638 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 642 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.31 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 642 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.53 
 
 		 289 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 287 aa  94  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.53 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 287 aa  94  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.34 
 
 		 287 aa  94  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.3 
 
 		 284 aa  94.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  31.12 
 
 		 272 aa  94.7  2e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  27 
 
 		 269 aa  93.6  3e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>