More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4164 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  565  1e-160  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  44.83 
 
 		 282 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.63 
 
 		 279 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.63 
 
 		 279 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.63 
 
 		 279 aa  207  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 282 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.08 
 
 		 282 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.08 
 
 		 282 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.08 
 
 		 282 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.08 
 
 		 282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.61 
 
 		 282 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  40.61 
 
 		 282 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  40.61 
 
 		 282 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.61 
 
 		 282 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.61 
 
 		 282 aa  189  5.999999999999999e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.61 
 
 		 282 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.61 
 
 		 282 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.61 
 
 		 282 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.61 
 
 		 282 aa  188  7e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.7 
 
 		 282 aa  188  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.31 
 
 		 282 aa  188  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  40.07 
 
 		 283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  37.46 
 
 		 282 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1259  HTH-type transcription regulator, RpiR family  38.03 
 
 		 267 aa  169  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 306 aa  162  4.0000000000000004e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 285 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 285 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 285 aa  162  7e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  35.98 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.61 
 
 		 285 aa  160  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  35.61 
 
 		 285 aa  160  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  35.98 
 
 		 285 aa  160  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  35.98 
 
 		 285 aa  159  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  31.76 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0338  transcriptional regulator, RpiR family  30.48 
 
 		 282 aa  148  8e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  30.35 
 
 		 280 aa  143  4e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  32.42 
 
 		 279 aa  135  5e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 273 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  30.77 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 299 aa  132  5e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  28.79 
 
 		 298 aa  132  7.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  27.6 
 
 		 320 aa  132  9e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  29.37 
 
 		 281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  29.33 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  33.62 
 
 		 287 aa  131  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  31 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 334 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  30.86 
 
 		 281 aa  129  7.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  31.52 
 
 		 284 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 332 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 332 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 332 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  31.13 
 
 		 284 aa  126  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  29.89 
 
 		 286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 285 aa  126  5e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 284 aa  125  6e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  26.48 
 
 		 272 aa  125  6e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.62 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  29.09 
 
 		 282 aa  124  2e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  29.43 
 
 		 304 aa  122  7e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 284 aa  122  7e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  26.44 
 
 		 282 aa  122  7e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 284 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  27.8 
 
 		 319 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.78 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 318 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 281 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 289 aa  117  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  29.18 
 
 		 284 aa  117  3e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  29.96 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 287 aa  115  6e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 287 aa  115  6e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 287 aa  115  6e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.04 
 
 		 287 aa  115  6e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.04 
 
 		 287 aa  115  6e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  29.78 
 
 		 285 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 620 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 642 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>