More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0338 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0338  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 282 aa  567  1e-161  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.46 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.46 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  35.46 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  35.46 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.46 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.46 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.46 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.64 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.11 
 
 		 282 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.36 
 
 		 282 aa  139  7e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.86 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.64 
 
 		 282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.64 
 
 		 282 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.64 
 
 		 282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.64 
 
 		 282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.29 
 
 		 282 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.84 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.84 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.84 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  28.04 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1259  HTH-type transcription regulator, RpiR family  28.07 
 
 		 267 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 285 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  30.08 
 
 		 285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  30.45 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  28.89 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 285 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  29.7 
 
 		 285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.32 
 
 		 285 aa  105  9e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  29.32 
 
 		 285 aa  105  9e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  26.92 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 280 aa  100  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  21.19 
 
 		 284 aa  99.8  5e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  26.54 
 
 		 333 aa  98.2  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  27.45 
 
 		 279 aa  97.4  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  24.62 
 
 		 320 aa  94.4  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  26.15 
 
 		 283 aa  94.7  2e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  29.13 
 
 		 290 aa  93.6  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  26.97 
 
 		 298 aa  90.1  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 285 aa  89.7  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2674  transcriptional regulator, RpiR family  30.36 
 
 		 293 aa  89  9e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0539121 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  27.2 
 
 		 280 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  25.7 
 
 		 279 aa  88.2  1e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  27.2 
 
 		 280 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.74 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  27.05 
 
 		 277 aa  87.4  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 278 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 273 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  27.78 
 
 		 281 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  23.14 
 
 		 287 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 292 aa  85.9  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.71 
 
 		 286 aa  85.9  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.56 
 
 		 282 aa  85.5  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  24.56 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  25.1 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  23.3 
 
 		 281 aa  85.1  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  23.14 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  23.14 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  23.14 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  25.62 
 
 		 278 aa  82.4  0.000000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  20.68 
 
 		 282 aa  81.6  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  24.29 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 282 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 282 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 282 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2382  helix-turn-helix protein RpiR  25.64 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2339  RpiR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.146388  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  25.19 
 
 		 285 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 334 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  22.87 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 638 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 339 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 339 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 332 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 638 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 332 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 642 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 642 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>