More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2582 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 285 aa  578  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  98.6 
 
 		 285 aa  570  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  97.54 
 
 		 285 aa  560  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  97.19 
 
 		 285 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  96.49 
 
 		 285 aa  555  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  96.49 
 
 		 285 aa  556  1e-157  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  96.14 
 
 		 285 aa  551  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  95.79 
 
 		 285 aa  552  1e-156  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  96.14 
 
 		 285 aa  551  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  40.88 
 
 		 283 aa  206  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  39.93 
 
 		 282 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1259  HTH-type transcription regulator, RpiR family  42.54 
 
 		 267 aa  198  7e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.44 
 
 		 282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.72 
 
 		 279 aa  186  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.72 
 
 		 279 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.72 
 
 		 279 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.62 
 
 		 282 aa  179  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.56 
 
 		 282 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.56 
 
 		 282 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.56 
 
 		 282 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.56 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.56 
 
 		 282 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.11 
 
 		 282 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  35.11 
 
 		 282 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.11 
 
 		 282 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.11 
 
 		 282 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.11 
 
 		 282 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.11 
 
 		 282 aa  162  8.000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.11 
 
 		 282 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  35.11 
 
 		 282 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.75 
 
 		 282 aa  160  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 285 aa  149  5e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  31.52 
 
 		 333 aa  146  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  34.56 
 
 		 281 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 282 aa  145  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  31.18 
 
 		 315 aa  142  6e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  31.82 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  28.99 
 
 		 320 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 280 aa  139  6e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  31.84 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  31.79 
 
 		 327 aa  136  4e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  30.68 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 279 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  29.43 
 
 		 322 aa  132  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  32.49 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  31.62 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  33.2 
 
 		 304 aa  126  3e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  31.23 
 
 		 284 aa  125  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.38 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  33.04 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 284 aa  123  4e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0338  transcriptional regulator, RpiR family  30.83 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  26.06 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  116  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  116  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  116  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.07 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.07 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  30.69 
 
 		 285 aa  116  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 289 aa  115  6.9999999999999995e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  26.2 
 
 		 282 aa  115  7.999999999999999e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.29 
 
 		 287 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  30.92 
 
 		 291 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  29.3 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.29 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  27.97 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  32.81 
 
 		 285 aa  112  6e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25.48 
 
 		 280 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  27.84 
 
 		 292 aa  109  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  28.86 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 293 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 293 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 293 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 270 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  26.88 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  27.14 
 
 		 283 aa  106  4e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  28.26 
 
 		 299 aa  105  7e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  27.34 
 
 		 278 aa  105  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 292 aa  105  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 292 aa  105  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  27.66 
 
 		 283 aa  105  9e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 283 aa  105  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  29.46 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  28.03 
 
 		 288 aa  102  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>