More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1259 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1259  HTH-type transcription regulator, RpiR family  100 
 
 		 267 aa  535  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  52.11 
 
 		 282 aa  275  4e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  51.24 
 
 		 283 aa  268  8.999999999999999e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 285 aa  198  7e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 285 aa  195  6e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.16 
 
 		 285 aa  194  9e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  42.16 
 
 		 285 aa  194  9e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 285 aa  194  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  42.16 
 
 		 285 aa  193  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  42.16 
 
 		 285 aa  192  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  41.89 
 
 		 285 aa  193  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 285 aa  192  3e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  40 
 
 		 282 aa  182  6e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.3 
 
 		 279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.3 
 
 		 279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.3 
 
 		 279 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.59 
 
 		 282 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 282 aa  171  7.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.22 
 
 		 282 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.22 
 
 		 282 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.22 
 
 		 282 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.84 
 
 		 282 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.5 
 
 		 282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.5 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.5 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  36.5 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.5 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  36.5 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.5 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.5 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.5 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.98 
 
 		 282 aa  162  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 282 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  28.03 
 
 		 315 aa  123  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 298 aa  122  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  29.32 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  27.82 
 
 		 333 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0338  transcriptional regulator, RpiR family  28.07 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  25.45 
 
 		 327 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 284 aa  113  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 296 aa  112  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 284 aa  112  5e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 284 aa  112  6e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  30.08 
 
 		 284 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  29.39 
 
 		 284 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 280 aa  111  9e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  28.21 
 
 		 285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  25.48 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  26.01 
 
 		 282 aa  109  5e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 292 aa  107  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 292 aa  107  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 279 aa  106  3e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  30 
 
 		 286 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.32 
 
 		 291 aa  106  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  27.06 
 
 		 281 aa  106  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  28.35 
 
 		 280 aa  105  6e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 320 aa  105  7e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 278 aa  105  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 270 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 318 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  24.28 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 273 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 338 aa  103  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  24.82 
 
 		 304 aa  102  8e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  26.57 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.45 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 288 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  26.22 
 
 		 288 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 641 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 641 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 641 aa  98.2  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 620 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 620 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 287 aa  98.2  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 641 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 638 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 620 aa  98.6  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 641 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 638 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 282 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 282 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.52 
 
 		 287 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 282 aa  95.9  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 287 aa  95.9  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 639 aa  95.9  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  25.87 
 
 		 293 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 293 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  23.63 
 
 		 299 aa  95.5  8e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 642 aa  95.5  8e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  27.13 
 
 		 279 aa  95.5  9e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 642 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 642 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 642 aa  95.1  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 642 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 642 aa  95.1  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>