More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1547 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
296 aa  596  1e-169  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  48.7 
 
 
270 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  39.78 
 
 
284 aa  216  4e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  39.78 
 
 
284 aa  215  7e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  39.43 
 
 
284 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  38.63 
 
 
284 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
284 aa  212  7e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  36.23 
 
 
281 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  37.5 
 
 
327 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  38.18 
 
 
315 aa  181  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  36.47 
 
 
280 aa  179  4e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  39.56 
 
 
299 aa  179  5.999999999999999e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  40.07 
 
 
322 aa  179  5.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  35.37 
 
 
320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  34.71 
 
 
298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
280 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  38.79 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  39.15 
 
 
304 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  35.77 
 
 
291 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
292 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
292 aa  160  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
292 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  32 
 
 
299 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  34.83 
 
 
342 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  36.26 
 
 
285 aa  150  2e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  31.87 
 
 
287 aa  149  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
283 aa  149  5e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
282 aa  146  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.22 
 
 
308 aa  144  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 
285 aa  144  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
280 aa  144  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
280 aa  144  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
285 aa  143  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  28.15 
 
 
282 aa  143  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.58 
 
 
282 aa  143  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.09 
 
 
289 aa  142  8e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.41 
 
 
289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.23 
 
 
288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.77 
 
 
286 aa  140  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.37 
 
 
284 aa  140  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.69 
 
 
289 aa  138  8.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
281 aa  138  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 
289 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 
289 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 
289 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 
289 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.73 
 
 
289 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 
289 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.98 
 
 
289 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.13 
 
 
284 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  31.5 
 
 
281 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 
289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  32.96 
 
 
279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.13 
 
 
284 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.13 
 
 
284 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.13 
 
 
284 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.13 
 
 
284 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
293 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.13 
 
 
284 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.13 
 
 
284 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  29 
 
 
292 aa  136  5e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  33.94 
 
 
293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  30.37 
 
 
274 aa  135  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.86 
 
 
288 aa  135  7.000000000000001e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 
289 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 
289 aa  135  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.05 
 
 
284 aa  135  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  34.17 
 
 
288 aa  135  8e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.97 
 
 
289 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 
290 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
288 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658899 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  32.97 
 
 
289 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 
290 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 
290 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
288 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.33 
 
 
289 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.97 
 
 
289 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  32.97 
 
 
289 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  34.87 
 
 
288 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.95 
 
 
290 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.54 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.97 
 
 
289 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.97 
 
 
289 aa  135  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.77 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.77 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.77 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.77 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
284 aa  133  3e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
281 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  36.64 
 
 
288 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  36.64 
 
 
288 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  34.87 
 
 
288 aa  132  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.118263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>