More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_0151 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 299 aa  579  1e-164  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  46.29 
 
 		 320 aa  247  1e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  45.49 
 
 		 333 aa  237  2e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  45.64 
 
 		 304 aa  226  5.0000000000000005e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  42.4 
 
 		 315 aa  223  3e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  47.33 
 
 		 322 aa  220  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  45.88 
 
 		 327 aa  218  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  43.3 
 
 		 285 aa  214  1.9999999999999998e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  41.72 
 
 		 319 aa  206  3e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  41.79 
 
 		 299 aa  197  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  44.6 
 
 		 342 aa  197  3e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  39.73 
 
 		 316 aa  192  5e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  41.24 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  42.81 
 
 		 291 aa  180  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 280 aa  176  5e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  40.29 
 
 		 307 aa  175  8e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  38.97 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  32.85 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  32.85 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  30.28 
 
 		 281 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  34.04 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  37.23 
 
 		 312 aa  144  1e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  29.51 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 292 aa  142  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 292 aa  142  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  27.97 
 
 		 292 aa  142  8e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  27.82 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  27.92 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 281 aa  135  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0770  transcriptional regulator, RpiR family  41.82 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000975666  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  33.94 
 
 		 288 aa  132  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  32.92 
 
 		 274 aa  131  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  31.49 
 
 		 287 aa  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  22.13 
 
 		 272 aa  130  3e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 273 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 282 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 281 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 283 aa  129  8.000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 282 aa  128  9.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.89 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  31.58 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0318  transcriptional regulator, RpiR family  35.5 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 282 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.99 
 
 		 290 aa  125  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 339 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  33.85 
 
 		 279 aa  124  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 281 aa  123  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  30.12 
 
 		 283 aa  123  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 281 aa  123  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  29.82 
 
 		 320 aa  122  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  31.87 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  33.07 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  33.07 
 
 		 288 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 288 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 288 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4018  RpiR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.772645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.28 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>