More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1162 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
270 aa  540  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  48.7 
 
 
296 aa  246  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  41.64 
 
 
284 aa  202  4e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  41.64 
 
 
284 aa  202  4e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
284 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
284 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
284 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  36.15 
 
 
281 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
280 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
299 aa  167  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  34.69 
 
 
320 aa  161  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  37.8 
 
 
333 aa  160  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 
315 aa  160  3e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
293 aa  152  8e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  35.98 
 
 
322 aa  150  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  34.29 
 
 
279 aa  150  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  36.74 
 
 
298 aa  150  3e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  37.25 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
304 aa  145  6e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
281 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
283 aa  142  8e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  34.57 
 
 
281 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.59 
 
 
284 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  34.27 
 
 
327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
292 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
292 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
338 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  35.51 
 
 
299 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
281 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
273 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
292 aa  139  7e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  34.07 
 
 
281 aa  139  7e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
281 aa  138  7.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.67 
 
 
290 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.82 
 
 
284 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.48 
 
 
284 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.82 
 
 
284 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.82 
 
 
284 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.82 
 
 
284 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.67 
 
 
290 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.67 
 
 
290 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.67 
 
 
290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.85 
 
 
288 aa  136  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.68 
 
 
284 aa  135  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
323 aa  135  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.06 
 
 
284 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.06 
 
 
284 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.85 
 
 
284 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
281 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.44 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.44 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.44 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.44 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.44 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.44 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.21 
 
 
286 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  35.13 
 
 
282 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  35.13 
 
 
282 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
282 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  35.13 
 
 
282 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
282 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
282 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
289 aa  132  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
620 aa  131  9e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
620 aa  131  9e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
620 aa  131  9e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  32.96 
 
 
278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
641 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
641 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
641 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  32.22 
 
 
285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
641 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
638 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
641 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.31 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
642 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
642 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
642 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
642 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
642 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
642 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
288 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
642 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
639 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
638 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
288 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.94 
 
 
283 aa  129  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  32.92 
 
 
283 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  33.72 
 
 
293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  33.72 
 
 
293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.63 
 
 
282 aa  129  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
281 aa  129  6e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>