More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1406 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  592  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  592  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  99.66 
 
 		 292 aa  591  1e-168  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  68.86 
 
 		 293 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  68.86 
 
 		 293 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  68.86 
 
 		 293 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  68.86 
 
 		 293 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  60 
 
 		 292 aa  354  7.999999999999999e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  60.57 
 
 		 289 aa  349  3e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  35.02 
 
 		 282 aa  179  4.999999999999999e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  34.18 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 280 aa  166  5.9999999999999996e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  35.07 
 
 		 315 aa  165  9e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  36.43 
 
 		 281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  35.8 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  35.71 
 
 		 279 aa  163  4.0000000000000004e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 284 aa  161  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  37.11 
 
 		 284 aa  160  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  37.11 
 
 		 284 aa  159  4e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 284 aa  159  6e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  35.1 
 
 		 320 aa  158  8e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  34.63 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  34.98 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  152  8.999999999999999e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  33.47 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  36.36 
 
 		 285 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  30.16 
 
 		 280 aa  142  7e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  32.84 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  34.3 
 
 		 273 aa  141  9.999999999999999e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 270 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 283 aa  135  7.000000000000001e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 318 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  32.82 
 
 		 322 aa  134  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  32.71 
 
 		 319 aa  133  3e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  28.96 
 
 		 283 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 293 aa  132  9e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  32.53 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  26.92 
 
 		 272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 280 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 280 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 272 aa  128  9.000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  32.97 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  31.95 
 
 		 304 aa  126  3e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  26.84 
 
 		 284 aa  126  5e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  28.41 
 
 		 278 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 281 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  31.9 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.87 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  32.17 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 273 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 286 aa  123  4e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 281 aa  123  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  29.23 
 
 		 281 aa  122  7e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 281 aa  122  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 282 aa  119  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 309 aa  119  7e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 284 aa  118  9e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  27.03 
 
 		 282 aa  116  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  29.72 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 282 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 282 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 282 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4018  RpiR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 284 aa  115  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.772645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 282 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 642 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  27.76 
 
 		 274 aa  115  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 642 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 323 aa  115  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 639 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 282 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  30.86 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 642 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 642 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 642 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 642 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 620 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.5 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 620 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>