More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1234 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 285 aa  576  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  99.3 
 
 		 285 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  98.6 
 
 		 285 aa  569  1e-161  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  97.89 
 
 		 285 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  97.54 
 
 		 285 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  97.54 
 
 		 285 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  97.19 
 
 		 285 aa  559  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  96.84 
 
 		 285 aa  555  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  96.49 
 
 		 285 aa  555  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  41.24 
 
 		 283 aa  208  7e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  40.88 
 
 		 282 aa  204  9e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1259  HTH-type transcription regulator, RpiR family  42.16 
 
 		 267 aa  193  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.73 
 
 		 282 aa  192  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.01 
 
 		 279 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.01 
 
 		 279 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.01 
 
 		 279 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.62 
 
 		 282 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.56 
 
 		 282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.56 
 
 		 282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.56 
 
 		 282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.56 
 
 		 282 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.56 
 
 		 282 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 282 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.66 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  35.66 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.66 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.66 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.66 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.66 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  35.66 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.66 
 
 		 282 aa  159  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.29 
 
 		 282 aa  157  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  34.07 
 
 		 281 aa  145  5e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  32.06 
 
 		 333 aa  143  4e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 282 aa  143  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 285 aa  142  7e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  31.47 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  31.84 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  31.95 
 
 		 320 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 280 aa  136  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  32.84 
 
 		 327 aa  134  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  31.84 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  31.93 
 
 		 286 aa  132  6e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  30.5 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  32.41 
 
 		 284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 279 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 322 aa  129  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  32.02 
 
 		 284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 284 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  32.45 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  33.04 
 
 		 287 aa  122  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.38 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.07 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.07 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  119  7e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  118  9e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 287 aa  118  9e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.29 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  30.69 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  32.93 
 
 		 285 aa  116  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  25.7 
 
 		 284 aa  116  5e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.29 
 
 		 287 aa  115  6e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  31.89 
 
 		 291 aa  115  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  25.83 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0338  transcriptional regulator, RpiR family  30.45 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  30.36 
 
 		 284 aa  114  3e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  29.48 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  27.84 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 270 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  27.59 
 
 		 319 aa  109  5e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 284 aa  109  6e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25.1 
 
 		 280 aa  109  6e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  28.99 
 
 		 299 aa  108  8.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  28.37 
 
 		 288 aa  106  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 293 aa  105  9e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  29.29 
 
 		 278 aa  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 292 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 292 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07056  hypothetical protein  54.74 
 
 		 109 aa  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.15 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  29.34 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>