More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_02455 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 282 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  99.65 
 
 		 282 aa  573  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  100 
 
 		 282 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  99.29 
 
 		 282 aa  571  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  83.33 
 
 		 282 aa  478  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  82.98 
 
 		 282 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  82.98 
 
 		 282 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  82.98 
 
 		 282 aa  477  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  82.62 
 
 		 282 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  80.5 
 
 		 282 aa  465  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  65.6 
 
 		 282 aa  362  3e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  60.64 
 
 		 279 aa  335  5.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  60.64 
 
 		 279 aa  335  5.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  60.64 
 
 		 279 aa  335  5.999999999999999e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  38.93 
 
 		 283 aa  192  4e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  38.55 
 
 		 282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 282 aa  185  7e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 282 aa  171  9e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1259  HTH-type transcription regulator, RpiR family  36.5 
 
 		 267 aa  166  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 285 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.29 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  35.29 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  35.66 
 
 		 285 aa  159  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  34.75 
 
 		 285 aa  158  9e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  34.69 
 
 		 285 aa  158  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 285 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0338  transcriptional regulator, RpiR family  35.46 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  30.39 
 
 		 279 aa  136  4e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 279 aa  119  6e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  28.78 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  30.38 
 
 		 315 aa  113  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  27.17 
 
 		 283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 284 aa  112  6e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  25.63 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  28.11 
 
 		 281 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  31 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  27.53 
 
 		 283 aa  109  5e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 280 aa  109  6e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  27.94 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 280 aa  109  6e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  28.19 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  28.19 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  23.86 
 
 		 282 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  29.62 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  27.82 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  29.7 
 
 		 333 aa  107  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 282 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 282 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  27 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 282 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 320 aa  103  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 270 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  29.88 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.18 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 280 aa  103  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 285 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  27.69 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 292 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.1 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  23.53 
 
 		 280 aa  100  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0178  RpiR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 291 aa  99.8  5e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0183  helix-turn-helix protein RpiR  26.05 
 
 		 291 aa  99.8  5e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 282 aa  98.6  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 338 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 318 aa  97.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.14 
 
 		 291 aa  97.1  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  26.42 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 289 aa  96.7  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 293 aa  95.5  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 293 aa  95.5  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 293 aa  95.5  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  25.98 
 
 		 282 aa  95.1  1e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  29.33 
 
 		 277 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.34 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  24 
 
 		 292 aa  93.2  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  28.41 
 
 		 304 aa  93.2  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  29.18 
 
 		 279 aa  92.8  6e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 287 aa  92.4  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 287 aa  92.4  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 287 aa  92.4  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>