More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4516 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 
322 aa  620  1e-177  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  59.61 
 
 
320 aa  350  2e-95  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  57.73 
 
 
315 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  61.07 
 
 
304 aa  314  9.999999999999999e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  57.04 
 
 
304 aa  312  5.999999999999999e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  58.19 
 
 
333 aa  312  5.999999999999999e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  59.51 
 
 
327 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  51.07 
 
 
298 aa  256  3e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  50.71 
 
 
285 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  48.07 
 
 
299 aa  238  8e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  49.65 
 
 
342 aa  229  6e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  40.99 
 
 
280 aa  226  4e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  46.34 
 
 
320 aa  224  1e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  45.64 
 
 
316 aa  208  8e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  44.96 
 
 
307 aa  206  3e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  45.91 
 
 
319 aa  206  4e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  47.33 
 
 
299 aa  206  5e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  45.36 
 
 
291 aa  193  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  42.2 
 
 
304 aa  189  5e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  34.17 
 
 
284 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
284 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  34.17 
 
 
284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
296 aa  172  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
284 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  32.73 
 
 
281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
284 aa  163  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  34.53 
 
 
291 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  34.27 
 
 
287 aa  156  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
270 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  31.95 
 
 
289 aa  150  3e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
285 aa  150  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  30.8 
 
 
282 aa  149  7e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0770  transcriptional regulator, RpiR family  43.96 
 
 
296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000975666  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  35.45 
 
 
279 aa  146  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  30.11 
 
 
282 aa  145  9e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  31.25 
 
 
292 aa  144  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
309 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  30 
 
 
293 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
293 aa  139  6e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
638 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
638 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.98 
 
 
290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
292 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
292 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
620 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
620 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
620 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
641 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
641 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
641 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
641 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
641 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  29.75 
 
 
285 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  31.6 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
299 aa  133  3e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  31.76 
 
 
274 aa  134  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
642 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
639 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
642 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  29.75 
 
 
285 aa  132  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
642 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
642 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
642 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.98 
 
 
289 aa  132  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
283 aa  132  6.999999999999999e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
642 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  30.11 
 
 
285 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
642 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  27.8 
 
 
280 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.1 
 
 
288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  29.75 
 
 
285 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.11 
 
 
285 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  30.11 
 
 
285 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
285 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  29.74 
 
 
285 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.21 
 
 
282 aa  129  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  29.03 
 
 
286 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
285 aa  129  8.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.1 
 
 
284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.32 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  26.64 
 
 
272 aa  127  3e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  27.92 
 
 
284 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.16 
 
 
290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
282 aa  125  7e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.56 
 
 
284 aa  125  7e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.91 
 
 
289 aa  125  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.27 
 
 
289 aa  125  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.79 
 
 
284 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1541  transcriptional regulator  29.21 
 
 
279 aa  125  1e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.1 
 
 
284 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  27.31 
 
 
279 aa  124  2e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  28.87 
 
 
284 aa  124  2e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.79 
 
 
301 aa  124  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  31.32 
 
 
288 aa  124  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>