More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1770 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  100 
 
 		 283 aa  580  1.0000000000000001e-165  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  26.88 
 
 		 279 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.03 
 
 		 282 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.68 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.68 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.68 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.34 
 
 		 282 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  29.89 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 283 aa  123  3e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 280 aa  123  4e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  29.73 
 
 		 280 aa  119  6e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.68 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 306 aa  116  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  28.51 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  26.79 
 
 		 282 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  28.4 
 
 		 282 aa  115  8.999999999999998e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 287 aa  113  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  27.49 
 
 		 282 aa  113  3e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.17 
 
 		 282 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  28.29 
 
 		 284 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  28.29 
 
 		 284 aa  113  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.17 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  27.17 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.17 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 284 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  27.17 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.54 
 
 		 284 aa  113  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.17 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.17 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.17 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.17 
 
 		 282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 279 aa  113  5e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 287 aa  112  6e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 279 aa  112  7.000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 287 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.06 
 
 		 287 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  29.1 
 
 		 286 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.06 
 
 		 287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.6 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.7 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  31.91 
 
 		 278 aa  109  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 284 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1901  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.56 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.7 
 
 		 287 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.94 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.64 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.64 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.64 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.94 
 
 		 284 aa  106  6e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  29.15 
 
 		 272 aa  106  6e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.97 
 
 		 286 aa  105  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  27.68 
 
 		 292 aa  105  7e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  28.14 
 
 		 293 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2382  helix-turn-helix protein RpiR  26 
 
 		 290 aa  105  8e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.17 
 
 		 284 aa  105  8e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2339  RpiR family transcriptional regulator  26 
 
 		 290 aa  105  8e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.146388  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 285 aa  105  9e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 284 aa  105  9e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  28.62 
 
 		 285 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 285 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.94 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 272 aa  103  3e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.45 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.17 
 
 		 284 aa  103  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.79 
 
 		 289 aa  102  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 284 aa  102  7e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.79 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.51 
 
 		 282 aa  101  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.91 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.86 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.99 
 
 		 290 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.86 
 
 		 284 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.86 
 
 		 284 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.86 
 
 		 284 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.95 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.21 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  26.95 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  27.3 
 
 		 285 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  28.72 
 
 		 283 aa  99.8  4e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.86 
 
 		 284 aa  99.8  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 285 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>