More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1200 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 304 aa  616  1e-175  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 280 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  38.41 
 
 		 283 aa  159  4e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 284 aa  158  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  34.17 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  31.88 
 
 		 320 aa  147  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  34.78 
 
 		 333 aa  143  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  34.23 
 
 		 304 aa  141  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0972  transcriptional regulator, RpiR family  34.63 
 
 		 281 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  31.39 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  29.92 
 
 		 282 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36.74 
 
 		 288 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.71 
 
 		 282 aa  135  8e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  31.35 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.57 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  30.22 
 
 		 287 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  31.6 
 
 		 322 aa  132  9e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  32.71 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.21 
 
 		 285 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  31.52 
 
 		 285 aa  129  8.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.85 
 
 		 287 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.48 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.48 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 287 aa  126  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 287 aa  126  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 292 aa  126  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.85 
 
 		 285 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 292 aa  126  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 285 aa  126  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  29.93 
 
 		 315 aa  126  5e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.99 
 
 		 286 aa  126  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.57 
 
 		 289 aa  125  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36 
 
 		 290 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36 
 
 		 290 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36 
 
 		 290 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 284 aa  125  9e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  36 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  30.26 
 
 		 285 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  32.55 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  32.45 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  29.89 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 285 aa  123  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.78 
 
 		 289 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 279 aa  124  3e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  32.55 
 
 		 284 aa  123  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.6 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 284 aa  123  4e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.6 
 
 		 284 aa  123  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  35.2 
 
 		 288 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 282 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.8 
 
 		 288 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 285 aa  122  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.85 
 
 		 282 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.85 
 
 		 282 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  32.08 
 
 		 285 aa  122  8e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.85 
 
 		 282 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.08 
 
 		 285 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  32.08 
 
 		 285 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.05 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.48 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.79 
 
 		 289 aa  119  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.48 
 
 		 284 aa  119  6e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.66 
 
 		 286 aa  119  7e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.79 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  32.08 
 
 		 285 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.74 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.38 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3330  RpiR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.89 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  30.04 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1220  transcriptional regulator, RpiR family  28.46 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  33.81 
 
 		 342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.89 
 
 		 284 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.5 
 
 		 284 aa  116  6e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  28.36 
 
 		 282 aa  116  6e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  29.48 
 
 		 291 aa  115  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  29.21 
 
 		 281 aa  115  7.999999999999999e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.05 
 
 		 283 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.18 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.37 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.89 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.18 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  27.86 
 
 		 272 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.18 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>