More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4203 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  100 
 
 		 290 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  98.97 
 
 		 290 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  99.31 
 
 		 290 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  98.97 
 
 		 290 aa  584  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  92.66 
 
 		 288 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  92.31 
 
 		 288 aa  542  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  91.29 
 
 		 289 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  88.58 
 
 		 289 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  88.58 
 
 		 289 aa  509  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  83.86 
 
 		 285 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  83.51 
 
 		 285 aa  474  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  79.93 
 
 		 288 aa  460  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  65.6 
 
 		 286 aa  392  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  61.48 
 
 		 290 aa  374  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  59.06 
 
 		 284 aa  338  8e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 		 284 aa  335  3.9999999999999995e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.87 
 
 		 284 aa  334  1e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.14 
 
 		 284 aa  333  2e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  58.33 
 
 		 284 aa  333  3e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  58.33 
 
 		 284 aa  333  3e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.97 
 
 		 284 aa  333  3e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  58.33 
 
 		 284 aa  333  3e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  58.33 
 
 		 284 aa  332  4e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.25 
 
 		 284 aa  331  1e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.65 
 
 		 289 aa  331  1e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.97 
 
 		 284 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.97 
 
 		 284 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.97 
 
 		 284 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.97 
 
 		 284 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.97 
 
 		 284 aa  330  2e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.97 
 
 		 284 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.94 
 
 		 289 aa  329  4e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.25 
 
 		 284 aa  328  9e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.25 
 
 		 284 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.23 
 
 		 282 aa  327  2.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 		 289 aa  326  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.07 
 
 		 284 aa  326  3e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 		 289 aa  326  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 		 289 aa  326  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.25 
 
 		 286 aa  326  3e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 		 289 aa  326  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 		 289 aa  326  3e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.14 
 
 		 301 aa  325  4.0000000000000003e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.14 
 
 		 301 aa  325  4.0000000000000003e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 		 289 aa  325  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.4 
 
 		 289 aa  325  6e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.04 
 
 		 289 aa  325  6e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.04 
 
 		 289 aa  325  6e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  56.68 
 
 		 289 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  56.68 
 
 		 289 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  56.68 
 
 		 289 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.68 
 
 		 289 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.68 
 
 		 289 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.79 
 
 		 289 aa  323  2e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 		 308 aa  323  2e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.68 
 
 		 289 aa  323  2e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.32 
 
 		 289 aa  323  2e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.32 
 
 		 284 aa  323  3e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.04 
 
 		 290 aa  323  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.12 
 
 		 288 aa  311  5.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.67 
 
 		 283 aa  306  3e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003760  glucose repressor HexR for Entner-Doudoroff pathway RpiR family  55.94 
 
 		 259 aa  306  4.0000000000000004e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.192568  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  54.91 
 
 		 286 aa  301  9e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 288 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 288 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  43.12 
 
 		 288 aa  231  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 289 aa  230  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 288 aa  229  4e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  43.84 
 
 		 288 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  43.84 
 
 		 288 aa  226  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  42.75 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 293 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 281 aa  213  3.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 323 aa  208  9e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 284 aa  207  2e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 281 aa  205  6e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 281 aa  205  7e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  40.71 
 
 		 281 aa  205  9e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  40 
 
 		 281 aa  204  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 281 aa  201  9e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 338 aa  199  5e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 318 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 282 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  38.13 
 
 		 281 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 273 aa  188  7e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 278 aa  188  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  40 
 
 		 285 aa  188  9e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 339 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 339 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 287 aa  185  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  39.78 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>