More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_2822 on replicon NC_008010
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  575  1.0000000000000001e-163  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  36.67 
 
 		 287 aa  151  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 284 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  33.05 
 
 		 284 aa  145  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  32.63 
 
 		 284 aa  142  9e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  32 
 
 		 281 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  36.48 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  33.06 
 
 		 315 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 282 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 282 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 282 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  32 
 
 		 304 aa  132  9e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 282 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 282 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 282 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  31.14 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 288 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 288 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  30.56 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  31.87 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  30.29 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.8 
 
 		 288 aa  125  6e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  27.17 
 
 		 282 aa  125  7e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  30.77 
 
 		 288 aa  125  8.000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.66 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.4 
 
 		 290 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.4 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 280 aa  123  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.4 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 292 aa  124  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 280 aa  123  3e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 273 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.4 
 
 		 290 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  29.93 
 
 		 288 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 288 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 280 aa  122  9e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  29.34 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.24 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  31.52 
 
 		 333 aa  119  6e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.6 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 270 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  33.2 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  30.43 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  31.38 
 
 		 283 aa  116  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  29.23 
 
 		 282 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  29.63 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  30 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 339 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 338 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  32.8 
 
 		 288 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.8 
 
 		 288 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 332 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 318 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 289 aa  113  5e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.5 
 
 		 289 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 339 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 332 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 284 aa  112  9e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.75 
 
 		 282 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  26.14 
 
 		 280 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.37 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.72 
 
 		 284 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.4 
 
 		 286 aa  108  9.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  31.12 
 
 		 319 aa  108  9.000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.79 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.79 
 
 		 284 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.79 
 
 		 284 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.79 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 269 aa  107  2e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.79 
 
 		 284 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>