More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4485 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  583  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  92.71 
 
 		 288 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  92.71 
 
 		 288 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  93.75 
 
 		 288 aa  549  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  92.71 
 
 		 288 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  92.71 
 
 		 288 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  91.32 
 
 		 288 aa  542  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  90.62 
 
 		 288 aa  537  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  90.62 
 
 		 293 aa  531  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  90.28 
 
 		 293 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  87.5 
 
 		 288 aa  520  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  60.38 
 
 		 289 aa  335  3.9999999999999995e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  48.87 
 
 		 338 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 318 aa  251  7e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 296 aa  247  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  44.88 
 
 		 289 aa  245  6e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  44.88 
 
 		 301 aa  245  6.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 282 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  44.88 
 
 		 301 aa  245  6.999999999999999e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.06 
 
 		 282 aa  244  9e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 282 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 282 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 282 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 282 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 282 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.93 
 
 		 290 aa  241  9e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 282 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  41.3 
 
 		 281 aa  239  4e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.75 
 
 		 289 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.88 
 
 		 289 aa  238  6.999999999999999e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.75 
 
 		 289 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.75 
 
 		 289 aa  238  9e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.4 
 
 		 289 aa  238  1e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 339 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 332 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  43.4 
 
 		 289 aa  238  1e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 332 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.4 
 
 		 289 aa  238  1e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 332 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 332 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  44.24 
 
 		 339 aa  238  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  44.24 
 
 		 334 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  43.4 
 
 		 289 aa  238  1e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.4 
 
 		 289 aa  238  1e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.4 
 
 		 289 aa  238  1e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 332 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  44.24 
 
 		 290 aa  238  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  44.24 
 
 		 289 aa  236  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  44.24 
 
 		 308 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 273 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  42.29 
 
 		 284 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.82 
 
 		 289 aa  234  9e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  44.57 
 
 		 289 aa  234  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.06 
 
 		 289 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.06 
 
 		 289 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  42.86 
 
 		 288 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.06 
 
 		 289 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.06 
 
 		 289 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.06 
 
 		 289 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.37 
 
 		 284 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.58 
 
 		 284 aa  231  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.99 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.58 
 
 		 284 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.58 
 
 		 284 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.58 
 
 		 284 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.58 
 
 		 284 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.58 
 
 		 284 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.58 
 
 		 284 aa  229  3e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.58 
 
 		 284 aa  229  3e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.86 
 
 		 284 aa  230  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.58 
 
 		 284 aa  229  3e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.58 
 
 		 284 aa  229  4e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.48 
 
 		 290 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.48 
 
 		 290 aa  228  7e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.48 
 
 		 290 aa  228  8e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  44.2 
 
 		 288 aa  227  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.48 
 
 		 290 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  42.75 
 
 		 289 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.37 
 
 		 289 aa  228  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.79 
 
 		 284 aa  227  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.65 
 
 		 284 aa  227  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.37 
 
 		 286 aa  227  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.28 
 
 		 284 aa  227  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 284 aa  226  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 285 aa  226  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.01 
 
 		 284 aa  226  4e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  44.57 
 
 		 285 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 278 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  43.84 
 
 		 289 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  44.2 
 
 		 285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  40.07 
 
 		 284 aa  222  6e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  38.3 
 
 		 284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.01 
 
 		 284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.57 
 
 		 286 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  41.67 
 
 		 288 aa  219  5e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  41.67 
 
 		 288 aa  218  7e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 281 aa  215  9e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  39.86 
 
 		 283 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 281 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 281 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>