More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3564 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  582  1.0000000000000001e-165  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  35.46 
 
 		 292 aa  177  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  34.28 
 
 		 281 aa  169  6e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 284 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 292 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 280 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  33.45 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  33.45 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 284 aa  163  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 284 aa  160  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  30.94 
 
 		 333 aa  159  4e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  33.45 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  28.99 
 
 		 320 aa  155  8e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  29.32 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  31.58 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  30.94 
 
 		 280 aa  149  6e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  32.48 
 
 		 272 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  30.62 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.46 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.2 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.2 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.46 
 
 		 290 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  28.99 
 
 		 327 aa  143  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  33.07 
 
 		 282 aa  143  3e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.38 
 
 		 284 aa  142  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.07 
 
 		 290 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.91 
 
 		 289 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  32.68 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.07 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  26.55 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.3 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  37.2 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.66 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.38 
 
 		 291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.04 
 
 		 289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.53 
 
 		 284 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.94 
 
 		 284 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  34.82 
 
 		 281 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  30.57 
 
 		 282 aa  135  5e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.66 
 
 		 285 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 289 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.68 
 
 		 290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.37 
 
 		 284 aa  135  8e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  33.97 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 285 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  29.66 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.88 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.29 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.82 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.88 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.78 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  33.97 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.78 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.78 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.78 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.78 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.12 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.75 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.78 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.88 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  30.31 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.78 
 
 		 284 aa  133  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  33.97 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 282 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 334 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 273 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.78 
 
 		 284 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.78 
 
 		 284 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.78 
 
 		 284 aa  133  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 332 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 339 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.64 
 
 		 286 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.3 
 
 		 284 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 332 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 332 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.32 
 
 		 287 aa  132  5e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 332 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 339 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>