More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0718 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  100 
 
 		 284 aa  587  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  95.07 
 
 		 284 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  89.08 
 
 		 284 aa  529  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003760  glucose repressor HexR for Entner-Doudoroff pathway RpiR family  94.21 
 
 		 259 aa  514  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.192568  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  76.07 
 
 		 284 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.89 
 
 		 284 aa  454  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.53 
 
 		 284 aa  455  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  76.07 
 
 		 284 aa  455  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.89 
 
 		 284 aa  454  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.89 
 
 		 284 aa  454  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  76.07 
 
 		 284 aa  455  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.53 
 
 		 284 aa  456  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  77.5 
 
 		 290 aa  454  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.89 
 
 		 284 aa  454  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.71 
 
 		 286 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.53 
 
 		 284 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  77.5 
 
 		 289 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.89 
 
 		 284 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  77.14 
 
 		 301 aa  447  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  77.14 
 
 		 289 aa  448  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.53 
 
 		 284 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.53 
 
 		 284 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.53 
 
 		 284 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.53 
 
 		 284 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.53 
 
 		 284 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  77.14 
 
 		 301 aa  447  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  76.79 
 
 		 308 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  76.07 
 
 		 289 aa  442  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  73.57 
 
 		 284 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.86 
 
 		 289 aa  434  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  72.14 
 
 		 289 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  72.14 
 
 		 289 aa  428  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.14 
 
 		 289 aa  428  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.5 
 
 		 289 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  73.21 
 
 		 289 aa  429  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.5 
 
 		 289 aa  429  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.14 
 
 		 289 aa  428  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  74.02 
 
 		 286 aa  429  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  72.14 
 
 		 289 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.14 
 
 		 289 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  71.79 
 
 		 289 aa  426  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  70.71 
 
 		 289 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  70.71 
 
 		 289 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  70.71 
 
 		 289 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  70.71 
 
 		 289 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  70.71 
 
 		 289 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  73.57 
 
 		 283 aa  422  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  69.29 
 
 		 282 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  58.84 
 
 		 289 aa  343  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  58.12 
 
 		 289 aa  338  7e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 		 290 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 		 290 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 		 290 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 		 290 aa  333  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  58.84 
 
 		 289 aa  333  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  55.6 
 
 		 288 aa  330  2e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.96 
 
 		 288 aa  330  2e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.4 
 
 		 285 aa  323  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 		 285 aa  323  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.4 
 
 		 286 aa  323  2e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.91 
 
 		 290 aa  323  2e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55 
 
 		 288 aa  311  5.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  54.84 
 
 		 288 aa  311  1e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 289 aa  239  4e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 288 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 288 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 288 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  42.6 
 
 		 288 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 288 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 288 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  42.24 
 
 		 288 aa  229  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 288 aa  227  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  41.52 
 
 		 288 aa  226  4e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  40.79 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 293 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  38.04 
 
 		 281 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 284 aa  202  7e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 273 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 282 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 282 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 282 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 281 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 281 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 281 aa  197  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 339 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 282 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 282 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 282 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 339 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 282 aa  191  9e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 285 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>