More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1901 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1901  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  593  1e-168  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2382  helix-turn-helix protein RpiR  72.41 
 
 		 290 aa  440  9.999999999999999e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2339  RpiR family transcriptional regulator  72.41 
 
 		 290 aa  440  9.999999999999999e-123  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.146388  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0183  helix-turn-helix protein RpiR  55.33 
 
 		 291 aa  342  4e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0178  RpiR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 291 aa  342  4e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  32.86 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  29.85 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  27.56 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  25.36 
 
 		 333 aa  106  6e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3841  transcriptional regulator, RpiR family  31.11 
 
 		 283 aa  105  9e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.412935  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  25.75 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  23.93 
 
 		 280 aa  100  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.64 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  27.64 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 279 aa  99.4  6e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 280 aa  99.4  6e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 280 aa  99.4  6e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  24.81 
 
 		 320 aa  99.4  7e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  25.98 
 
 		 304 aa  99.4  7e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 296 aa  99  8e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 287 aa  98.2  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 304 aa  98.2  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.88 
 
 		 282 aa  97.4  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  28.68 
 
 		 282 aa  97.8  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  25.74 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 282 aa  97.1  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 285 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  27.03 
 
 		 286 aa  96.7  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 285 aa  96.3  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 285 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 285 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 285 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 285 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 284 aa  95.5  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 285 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  26.27 
 
 		 284 aa  94.4  2e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  25.86 
 
 		 342 aa  94  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.9 
 
 		 286 aa  93.2  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.09 
 
 		 284 aa  93.2  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25 
 
 		 289 aa  93.2  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  23.55 
 
 		 274 aa  92.8  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.51 
 
 		 284 aa  92.4  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 332 aa  92.4  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 339 aa  92.4  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 339 aa  92.4  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 332 aa  92.4  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 332 aa  92.4  8e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 332 aa  92  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.51 
 
 		 284 aa  92  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.51 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.51 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 306 aa  91.7  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.51 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.51 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  27.41 
 
 		 285 aa  92  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.51 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  22.26 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  24.56 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 278 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 282 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  21.17 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 282 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  27.45 
 
 		 282 aa  90.5  3e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 282 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.74 
 
 		 287 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.28 
 
 		 282 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 282 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 282 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 287 aa  89.7  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 287 aa  89.7  5e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.11 
 
 		 284 aa  89.7  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.11 
 
 		 284 aa  89.7  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.11 
 
 		 284 aa  89.7  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.57 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.36 
 
 		 287 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.13 
 
 		 289 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 282 aa  89.4  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 334 aa  89.4  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.13 
 
 		 289 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.13 
 
 		 289 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.13 
 
 		 289 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 287 aa  89.4  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.36 
 
 		 287 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 287 aa  89  8e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.91 
 
 		 282 aa  89  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.91 
 
 		 282 aa  89  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 282 aa  89  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.91 
 
 		 282 aa  89  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.55 
 
 		 282 aa  88.2  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.36 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.91 
 
 		 282 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  23.69 
 
 		 322 aa  87.4  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.51 
 
 		 284 aa  87.8  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 283 aa  87.4  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.57 
 
 		 289 aa  88.2  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>