More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_3998 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_3998  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 312 aa  630  1e-180  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  40.75 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  41.36 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  39.58 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  38.68 
 
 		 291 aa  163  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  34.97 
 
 		 333 aa  159  4e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  37.94 
 
 		 307 aa  159  8e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  37.23 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  33.21 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  33.56 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  32.84 
 
 		 315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  33.22 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.96 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  31.82 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  29.58 
 
 		 281 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1243  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 283 aa  124  2e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.665754  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  30.71 
 
 		 291 aa  122  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  32.33 
 
 		 322 aa  123  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  33.46 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  32.67 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 289 aa  119  7e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  28.42 
 
 		 285 aa  119  9e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 284 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 281 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  29.96 
 
 		 284 aa  117  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  29.6 
 
 		 284 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.84 
 
 		 287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 282 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 282 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 282 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  25.28 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 332 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 278 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 339 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 339 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 332 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 332 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 283 aa  111  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 332 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 332 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 318 aa  109  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 284 aa  109  5e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 273 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  27.73 
 
 		 281 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  29.92 
 
 		 274 aa  109  7.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 282 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1522  transcriptional regulator, RpiR family  30.63 
 
 		 301 aa  109  7.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0181901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  30 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  30.89 
 
 		 281 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 281 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 281 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.66 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 285 aa  105  9e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1355  transcriptional regulator  28.06 
 
 		 273 aa  103  4e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.906845  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 270 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  27.03 
 
 		 282 aa  103  5e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  26.09 
 
 		 272 aa  102  6e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  27.11 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  28.26 
 
 		 320 aa  100  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  30 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  30.28 
 
 		 342 aa  99.8  6e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.17 
 
 		 284 aa  99  8e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 290 aa  99.4  8e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.52 
 
 		 290 aa  99.4  8e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.45 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  25.6 
 
 		 296 aa  99  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  25.6 
 
 		 296 aa  99  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 282 aa  98.6  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.78 
 
 		 284 aa  98.6  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.78 
 
 		 284 aa  98.2  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.24 
 
 		 290 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  25.26 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.31 
 
 		 289 aa  97.4  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  25.26 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.45 
 
 		 308 aa  97.1  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  25.26 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2619  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 286 aa  97.4  3e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>