More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4018 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4018  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.772645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  34.11 
 
 		 284 aa  149  6e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  34.11 
 
 		 284 aa  148  9e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  33.21 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  33.45 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  33.21 
 
 		 315 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  33.2 
 
 		 320 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 280 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  33.71 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  32.71 
 
 		 281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  28.73 
 
 		 292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  26.18 
 
 		 282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.73 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  34.47 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  32.62 
 
 		 322 aa  126  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 285 aa  126  5e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  27.9 
 
 		 272 aa  125  6e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  35.27 
 
 		 333 aa  125  8.000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 280 aa  125  9e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 272 aa  124  2e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 270 aa  122  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  30.97 
 
 		 293 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 293 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 293 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 293 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  32.84 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  31.44 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  31.87 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  33.08 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  36.36 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  34.66 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 320 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 287 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 279 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  28.25 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 273 aa  112  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 283 aa  112  7.000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.06 
 
 		 290 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.59 
 
 		 289 aa  112  8.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 266 aa  112  9e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  31.78 
 
 		 281 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  31.65 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 284 aa  110  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  31.54 
 
 		 342 aa  109  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  26.62 
 
 		 296 aa  109  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  26.62 
 
 		 296 aa  109  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  26.62 
 
 		 296 aa  109  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  26.62 
 
 		 296 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 338 aa  108  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  26.62 
 
 		 296 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.34 
 
 		 282 aa  108  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.96 
 
 		 282 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.96 
 
 		 282 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  28.85 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.96 
 
 		 282 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.91 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 280 aa  107  3e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.73 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 282 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.07 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.32 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 282 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 280 aa  107  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.59 
 
 		 282 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  33.73 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 266 aa  106  4e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 281 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 282 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 285 aa  105  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 281 aa  105  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 282 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 282 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 282 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.14 
 
 		 282 aa  105  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1799  RpiR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 309 aa  105  9e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0151884  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.73 
 
 		 290 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.73 
 
 		 290 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.73 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.56 
 
 		 290 aa  104  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.13 
 
 		 285 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1373  hypothetical protein  30.31 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>