More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2832 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2832  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 
319 aa  616  1e-175  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.233384  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
284 aa  168  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  36.67 
 
 
284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
284 aa  166  4e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
284 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  36.3 
 
 
284 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
299 aa  161  2e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2674  transcriptional regulator, RpiR family  43.88 
 
 
293 aa  157  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0539121 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  32.08 
 
 
281 aa  145  9e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  40.34 
 
 
290 aa  142  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
293 aa  142  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  30.16 
 
 
269 aa  138  1e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  35.5 
 
 
287 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
280 aa  127  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  33.44 
 
 
333 aa  125  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4646  transcriptional regulator, RpiR family  41.63 
 
 
280 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.308947  normal  0.465051 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
296 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.6 
 
 
289 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  35.34 
 
 
315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.55 
 
 
291 aa  119  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.44 
 
 
289 aa  118  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  32.3 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.82 
 
 
289 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.82 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.82 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  29.32 
 
 
293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.82 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.82 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.82 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.82 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.82 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.44 
 
 
289 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  32.44 
 
 
289 aa  117  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.44 
 
 
289 aa  117  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  32.44 
 
 
289 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
293 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
293 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
293 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.44 
 
 
289 aa  117  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.96 
 
 
286 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
296 aa  116  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.58 
 
 
289 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
270 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  32.88 
 
 
304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.71 
 
 
301 aa  114  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.71 
 
 
301 aa  114  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  28.35 
 
 
279 aa  113  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.58 
 
 
289 aa  112  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  25.58 
 
 
284 aa  112  6e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  32.04 
 
 
298 aa  112  7.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.89 
 
 
284 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
273 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.84 
 
 
299 aa  112  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.2 
 
 
290 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.58 
 
 
282 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  32.13 
 
 
281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 
289 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.08 
 
 
284 aa  111  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
332 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
339 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
282 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
339 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  32.34 
 
 
285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
282 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  27.73 
 
 
282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.08 
 
 
289 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
332 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.83 
 
 
290 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
332 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.1 
 
 
639 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  31.49 
 
 
319 aa  110  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.05 
 
 
284 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
332 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
332 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
282 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
282 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
282 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.83 
 
 
290 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.05 
 
 
284 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.05 
 
 
284 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.05 
 
 
284 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.05 
 
 
284 aa  109  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.05 
 
 
284 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.05 
 
 
284 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.83 
 
 
290 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.06 
 
 
289 aa  109  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
282 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
334 aa  109  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.08 
 
 
284 aa  109  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.05 
 
 
284 aa  109  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.95 
 
 
289 aa  109  6e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.27 
 
 
284 aa  109  6e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.83 
 
 
290 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.45 
 
 
288 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>