264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02491 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  100 
 
 		 283 aa  580  1.0000000000000001e-165  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  57.52 
 
 		 272 aa  320  9.999999999999999e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 272 aa  248  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  38.78 
 
 		 272 aa  182  8.000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 274 aa  180  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 279 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  35.84 
 
 		 285 aa  155  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  33.82 
 
 		 279 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 281 aa  150  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  33.46 
 
 		 279 aa  142  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  34.56 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  33.09 
 
 		 280 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  28.73 
 
 		 278 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 280 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 283 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 283 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  27.24 
 
 		 281 aa  93.2  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 280 aa  92.8  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  31.44 
 
 		 323 aa  85.9  8e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.9 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 287 aa  82  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  24.91 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  25.9 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  23.67 
 
 		 288 aa  69.7  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  24.8 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 284 aa  68.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 289 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  24.28 
 
 		 285 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  24.3 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  23.99 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  27.82 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 286 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 286 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  26.39 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  27.17 
 
 		 375 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  27.17 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 284 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  26.04 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 286 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 286 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  26.64 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  24.1 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  24.1 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  24.1 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  24.1 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  24.1 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  24.1 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  24.1 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  21.4 
 
 		 290 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  23.17 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 314 aa  59.3  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  28.22 
 
 		 279 aa  58.9  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 290 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  24.57 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 290 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  23 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  22.43 
 
 		 287 aa  57.4  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  25.69 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1774  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.82 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.260991 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2345  RpiR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4675  RpiR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 336 aa  57  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0109313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  25.71 
 
 		 281 aa  57  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  23.55 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 301 aa  56.2  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>