More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2080 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 285 aa  547  1e-155  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 274 aa  214  9.999999999999999e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  41.52 
 
 		 279 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 279 aa  198  7e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  42.24 
 
 		 279 aa  188  9e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 281 aa  183  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 277 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  39.27 
 
 		 280 aa  180  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  39.27 
 
 		 279 aa  179  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  44.73 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 280 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 272 aa  165  6.9999999999999995e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  36.76 
 
 		 283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 272 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 314 aa  155  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  36.53 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 283 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  29.68 
 
 		 272 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 280 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  118  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  36.89 
 
 		 281 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 282 aa  98.6  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 294 aa  92.4  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 288 aa  90.1  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 288 aa  90.5  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  32.6 
 
 		 334 aa  80.1  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  31.75 
 
 		 279 aa  80.1  0.00000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  35.15 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  30.14 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  30.14 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  24.68 
 
 		 282 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 276 aa  73.9  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 316 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 326 aa  70.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  28.03 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  28.1 
 
 		 297 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  30.74 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  31.1 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 337 aa  68.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  31.51 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  30.71 
 
 		 320 aa  67  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  21.83 
 
 		 280 aa  67  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 286 aa  66.2  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  31.03 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  26.12 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  22.43 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  31.25 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  28.63 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  30.59 
 
 		 329 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  30.34 
 
 		 321 aa  62  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  27.5 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  29.3 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0421  transcriptional regulator, RpiR family  32.92 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.495009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 284 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3158  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0673923 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  34 
 
 		 320 aa  61.2  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  24.54 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  30.42 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  24.18 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  28.63 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  26.79 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  22.91 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  22.96 
 
 		 290 aa  60.8  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.17 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  24.44 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  24.02 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  39.19 
 
 		 289 aa  59.7  0.00000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>