More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1333 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 285 aa  580  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  97.19 
 
 		 285 aa  568  1e-161  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  87.72 
 
 		 285 aa  505  9.999999999999999e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  83.46 
 
 		 284 aa  468  1.0000000000000001e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  80.99 
 
 		 284 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  82.25 
 
 		 284 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  65.67 
 
 		 277 aa  358  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  64.58 
 
 		 278 aa  357  9.999999999999999e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  57.41 
 
 		 280 aa  320  1.9999999999999998e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 286 aa  287  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  39.18 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 292 aa  199  5e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  38.85 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 334 aa  195  6e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  38.61 
 
 		 287 aa  195  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  37.63 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 293 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 293 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  37.73 
 
 		 375 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  38.32 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  37.73 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 293 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 293 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 293 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  39.85 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  37.73 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 319 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 319 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 278 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 319 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 294 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 315 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  39.76 
 
 		 256 aa  171  9e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 285 aa  171  9e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  37.5 
 
 		 277 aa  169  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 284 aa  168  9e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  38.46 
 
 		 285 aa  166  5e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  36.23 
 
 		 291 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  36.88 
 
 		 291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 311 aa  162  6e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 307 aa  146  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  32.71 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 280 aa  125  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  30 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 286 aa  122  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  29 
 
 		 287 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 298 aa  118  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.87 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  28.87 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  28.87 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.87 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.87 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.87 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  29.37 
 
 		 286 aa  114  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  30.18 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  27.07 
 
 		 287 aa  104  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  28.46 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 291 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 291 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  25.37 
 
 		 282 aa  99.4  6e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  29.05 
 
 		 309 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 326 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 299 aa  93.6  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3609  RpiR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 304 aa  92  9e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  0.0456005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  24.82 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  25.18 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  24.35 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  25.76 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 295 aa  89  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  25 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  26.64 
 
 		 329 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  26.3 
 
 		 331 aa  87  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  29.39 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 286 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  26.19 
 
 		 286 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  25.84 
 
 		 280 aa  82  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  26.57 
 
 		 332 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>