More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C1233 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 280 aa  565  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  55.84 
 
 		 278 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  47.86 
 
 		 280 aa  293  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  42.45 
 
 		 281 aa  218  7e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 314 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  37.64 
 
 		 285 aa  153  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 279 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  31.73 
 
 		 279 aa  139  7e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 274 aa  135  9e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  36.9 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  31 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 281 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 272 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 272 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  31 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  29.89 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 303 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  25.99 
 
 		 283 aa  112  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 283 aa  112  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 282 aa  99  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  27.31 
 
 		 272 aa  94  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 291 aa  86.7  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 291 aa  86.7  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  30.58 
 
 		 279 aa  85.5  9e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  24 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.77 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  24.03 
 
 		 282 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 294 aa  79  0.00000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  30.36 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  26.48 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  25.8 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  26.32 
 
 		 280 aa  64.7  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  23.6 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  23.6 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  27.56 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  23.13 
 
 		 290 aa  62.4  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.19 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  26.98 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  25.09 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 337 aa  60.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.19 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  24.13 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.19 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 325 aa  60.8  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  20.16 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  28.47 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  22.27 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  27.16 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  29.19 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.4 
 
 		 289 aa  59.7  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  24.14 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  27.65 
 
 		 322 aa  59.3  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  41.43 
 
 		 342 aa  58.9  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.81 
 
 		 289 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.57 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 316 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  22.31 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.57 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.57 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 316 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 292 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 276 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0574  RpiR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000288568  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  26.54 
 
 		 329 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.57 
 
 		 290 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  27.31 
 
 		 331 aa  57  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 292 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 314 aa  57  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 292 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 292 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.1 
 
 		 290 aa  57  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 280 aa  56.2  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  25.27 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25 
 
 		 288 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3158  transcriptional regulator, RpiR family  25.18 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0673923 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  21.32 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>