More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3411 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3411  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 278 aa  568  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  55.84 
 
 		 280 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 280 aa  277  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0959  transcriptional regulator  43.96 
 
 		 281 aa  211  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.396174 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 314 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 314 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 274 aa  156  4e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0906  transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 		 279 aa  153  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.505749  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  32.84 
 
 		 279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2080  transcriptional regulator, RpiR family  36.16 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3330  RpiR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3191  RpiR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3450  RpiR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 281 aa  146  5e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 279 aa  145  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  32.1 
 
 		 280 aa  145  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  34.87 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2787  transcriptional regulator, RpiR family  33.95 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000772388 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  28.73 
 
 		 283 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2057  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 272 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 283 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 272 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 303 aa  104  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2981  RpiR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 282 aa  99.4  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  27.31 
 
 		 272 aa  93.2  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3479  transcriptional regulator, RpiR family  27.65 
 
 		 280 aa  85.9  7e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  26.01 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  26.01 
 
 		 314 aa  82.8  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  25.97 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  27.74 
 
 		 279 aa  79  0.00000000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2372  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 		 310 aa  79  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 276 aa  79  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.88 
 
 		 334 aa  76.6  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  23.22 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  26.92 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  23.97 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3609  RpiR family transcriptional regulator  21 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.252965  normal  0.0456005 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  25.66 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  22.76 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1411  transcriptional regulator, RpiR family  26.64 
 
 		 282 aa  67.4  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  25.27 
 
 		 302 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 288 aa  67  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  25.31 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  24.47 
 
 		 293 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  24.91 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  30.27 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  23.13 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  25.67 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  23.63 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.07 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  24.48 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  26.7 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  21.63 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  23.63 
 
 		 375 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2234  transcriptional regulator, RpiR family  26.34 
 
 		 244 aa  62.4  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  24.12 
 
 		 284 aa  62.4  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.91 
 
 		 286 aa  62.4  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 295 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  22.42 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.81 
 
 		 289 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.81 
 
 		 289 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  23.04 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  24.41 
 
 		 281 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  22.81 
 
 		 289 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>