More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1089 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  614  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 317 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  38.05 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 337 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  36.62 
 
 		 329 aa  185  9e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  37.37 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  39.93 
 
 		 311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  38.13 
 
 		 320 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  39.69 
 
 		 332 aa  178  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 319 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 324 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  37.46 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 358 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 316 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  37.17 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 338 aa  165  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 327 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  28.62 
 
 		 287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 291 aa  102  8e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 291 aa  102  8e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  25.62 
 
 		 282 aa  102  8e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 287 aa  102  9e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  95.9  8e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  27.51 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  27.89 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  28.21 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  26.37 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 286 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 286 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 280 aa  78.2  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  26.44 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  28.95 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  27.24 
 
 		 288 aa  75.5  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.86 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 286 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  28.71 
 
 		 333 aa  73.2  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  28 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  27.84 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  27.48 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  27.2 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  27.81 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.27 
 
 		 290 aa  72  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  30.51 
 
 		 285 aa  70.9  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  28.12 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  28.35 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  27.78 
 
 		 286 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  24.8 
 
 		 310 aa  68.9  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  27.78 
 
 		 286 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 		 286 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 		 286 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.78 
 
 		 286 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  28.15 
 
 		 281 aa  68.6  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  26.24 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  27.6 
 
 		 284 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  25.57 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  29.69 
 
 		 327 aa  68.2  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.24 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  24.4 
 
 		 309 aa  67.8  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  28.36 
 
 		 284 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  26.77 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  23.96 
 
 		 279 aa  67  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  27.24 
 
 		 284 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3484  RpiR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>