More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1377 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  100 
 
 		 332 aa  652    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  80.42 
 
 		 329 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  82.69 
 
 		 331 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  72.41 
 
 		 337 aa  421  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  70.71 
 
 		 358 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 319 aa  324  1e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 317 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  57.58 
 
 		 320 aa  316  4e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  58.16 
 
 		 314 aa  315  7e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 314 aa  315  8e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 314 aa  315  9e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  57.82 
 
 		 314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  57.48 
 
 		 314 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  57.48 
 
 		 314 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  58.02 
 
 		 311 aa  310  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 316 aa  309  5e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  55.75 
 
 		 319 aa  308  5.9999999999999995e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  59.31 
 
 		 327 aa  301  9e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  53.31 
 
 		 321 aa  296  4e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 324 aa  286  2.9999999999999996e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 316 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 316 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 314 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  59.85 
 
 		 327 aa  275  6e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 338 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  54 
 
 		 314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  54 
 
 		 314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  54.92 
 
 		 314 aa  266  5e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  49.64 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 312 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 309 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 325 aa  136  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  30.57 
 
 		 287 aa  135  8e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 291 aa  127  3e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 287 aa  122  6e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 299 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  28.74 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  29.39 
 
 		 282 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  31.64 
 
 		 290 aa  95.9  8e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  25.71 
 
 		 282 aa  93.6  4e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  27.71 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  27.71 
 
 		 287 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  26.22 
 
 		 310 aa  89.7  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 296 aa  89  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  25.45 
 
 		 309 aa  87.4  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  29.71 
 
 		 285 aa  86.7  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 320 aa  86.3  7e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 266 aa  85.9  8e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 273 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 280 aa  85.1  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 284 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  29.74 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  26.26 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  25.9 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  30.83 
 
 		 280 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  30.83 
 
 		 280 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.18 
 
 		 281 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  26.13 
 
 		 285 aa  82.8  0.000000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 280 aa  82.4  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  29.37 
 
 		 333 aa  82.4  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  26.84 
 
 		 280 aa  81.6  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  31.53 
 
 		 323 aa  80.5  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.74 
 
 		 290 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  27.37 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.74 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.74 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 266 aa  80.5  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.74 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  25.26 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.71 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  26.22 
 
 		 285 aa  79.7  0.00000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 286 aa  79.3  0.00000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  25.49 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  25.58 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 284 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  29 
 
 		 290 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.1 
 
 		 285 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  26.54 
 
 		 282 aa  78.6  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  32.65 
 
 		 277 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  29.17 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.73 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>