More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7330 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  630  1e-180  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  56.47 
 
 		 319 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  53.02 
 
 		 319 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  54.15 
 
 		 312 aa  276  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  47.89 
 
 		 321 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 337 aa  250  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  49.43 
 
 		 332 aa  246  3e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 324 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  46.62 
 
 		 331 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  44.93 
 
 		 329 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 358 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  43.54 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  41.38 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  43.54 
 
 		 320 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 314 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  43.91 
 
 		 314 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 314 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 314 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  42.86 
 
 		 327 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 316 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 316 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 338 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 325 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 291 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 291 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  29.64 
 
 		 287 aa  109  5e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  29.46 
 
 		 297 aa  108  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  30.36 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 287 aa  97.4  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  31.45 
 
 		 310 aa  92.4  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 280 aa  88.6  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.43 
 
 		 289 aa  85.9  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 290 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 266 aa  84.7  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.22 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 278 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.73 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  28.89 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  25.91 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.63 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  29.14 
 
 		 298 aa  82.4  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 266 aa  80.9  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.74 
 
 		 286 aa  81.6  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.68 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.68 
 
 		 285 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 273 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  24.55 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  31.1 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  28.35 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  30.27 
 
 		 277 aa  79.3  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  26.1 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  32.38 
 
 		 277 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  30.21 
 
 		 280 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  30.21 
 
 		 280 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  25.7 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  29.67 
 
 		 315 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  33.78 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.14 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.14 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.14 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  30.83 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.63 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  29.2 
 
 		 282 aa  76.3  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  27.49 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.09 
 
 		 284 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.53 
 
 		 288 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.14 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.14 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.14 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.58 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.14 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  26.02 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.14 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.11 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.38 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  23 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.09 
 
 		 286 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.56 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  28.83 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.83 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>