More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3133 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 327 aa  644    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  92.48 
 
 		 327 aa  509  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  74.66 
 
 		 316 aa  433  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  69.01 
 
 		 314 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  64.38 
 
 		 311 aa  383  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  69.01 
 
 		 314 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  69.72 
 
 		 314 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  68.31 
 
 		 320 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  68.31 
 
 		 314 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  67.96 
 
 		 314 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  67.96 
 
 		 314 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  64.86 
 
 		 316 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  65.69 
 
 		 314 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  65.69 
 
 		 314 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  65.96 
 
 		 316 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  65.35 
 
 		 338 aa  354  1e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  65.45 
 
 		 314 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  66.45 
 
 		 314 aa  351  8e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  64.54 
 
 		 358 aa  331  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  62.09 
 
 		 337 aa  330  3e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  52.68 
 
 		 329 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  56.03 
 
 		 331 aa  309  4e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  60.43 
 
 		 332 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  50.16 
 
 		 317 aa  290  3e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  50.47 
 
 		 319 aa  287  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 319 aa  276  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  49.13 
 
 		 321 aa  269  5.9999999999999995e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  47.72 
 
 		 324 aa  259  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 312 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  40.95 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 325 aa  146  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  32.59 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 291 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 291 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  30.15 
 
 		 282 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  30.59 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  28.29 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 304 aa  96.7  5e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  30.43 
 
 		 320 aa  95.9  7e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  26.48 
 
 		 274 aa  91.3  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  29.93 
 
 		 310 aa  88.2  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  27.66 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  30.74 
 
 		 298 aa  82.4  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  29.39 
 
 		 327 aa  82  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 280 aa  81.3  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 266 aa  81.3  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  26.27 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 320 aa  77.8  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4058  RpiR family transcriptional regulator  27 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369796  normal  0.143797 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.15 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 266 aa  77.4  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  29.75 
 
 		 322 aa  77  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 334 aa  77  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  28.34 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  26.24 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  24.22 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3689  hypothetical protein  32.26 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.494088 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  24.8 
 
 		 280 aa  75.5  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0260  transcriptional regulator, RpiR family  30.13 
 
 		 323 aa  75.1  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379912 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  29.69 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  26.81 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  26.81 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.01 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  23.13 
 
 		 280 aa  72.8  0.000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  26.62 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.33 
 
 		 290 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 278 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  23.6 
 
 		 309 aa  72  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  27.2 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  26.22 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  29.26 
 
 		 279 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 280 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  22.51 
 
 		 272 aa  70.9  0.00000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  29.67 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  28.03 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1414  hypothetical protein  29.15 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.983802  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>