More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3287 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  597  1e-170  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  72 
 
 		 294 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  69.01 
 
 		 319 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  69.53 
 
 		 334 aa  415  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  70.91 
 
 		 315 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  70.91 
 
 		 294 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  71.64 
 
 		 294 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  71.48 
 
 		 302 aa  413  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  70.91 
 
 		 319 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  70.91 
 
 		 319 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 299 aa  312  4.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 293 aa  278  7e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  48.57 
 
 		 293 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  48.19 
 
 		 375 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 293 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 293 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 293 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 293 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 293 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  48.19 
 
 		 303 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  47.46 
 
 		 293 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 278 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  45.93 
 
 		 310 aa  259  4e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  45.56 
 
 		 302 aa  256  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  46.3 
 
 		 309 aa  256  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  45.26 
 
 		 287 aa  255  6e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 286 aa  209  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  37.64 
 
 		 285 aa  199  5e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  37.64 
 
 		 285 aa  199  6e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  38.06 
 
 		 285 aa  191  9e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 278 aa  189  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  36 
 
 		 284 aa  183  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  36 
 
 		 284 aa  183  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  36 
 
 		 284 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  35.82 
 
 		 280 aa  183  4.0000000000000006e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 285 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  34.98 
 
 		 277 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  34.09 
 
 		 277 aa  159  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 277 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  32.67 
 
 		 256 aa  146  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 284 aa  145  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  31.32 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  30.94 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  30.08 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 286 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 286 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 287 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  29.84 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  28.2 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 284 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  28.24 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.48 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  27.48 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.48 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  27.48 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.48 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.48 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  28.88 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 286 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  29.23 
 
 		 284 aa  102  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  25.19 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 301 aa  96.3  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 329 aa  96.3  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 331 aa  95.9  7e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 337 aa  93.2  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  29 
 
 		 332 aa  91.3  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  27.05 
 
 		 331 aa  90.9  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  25.86 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  27.54 
 
 		 296 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  25.48 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 296 aa  89.4  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  27.2 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 358 aa  89  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  28.36 
 
 		 321 aa  88.2  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  24.44 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 317 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1152  RpiR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>