More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_4368 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 334 aa  672    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  80.34 
 
 		 319 aa  486  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  80.34 
 
 		 319 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  80.34 
 
 		 319 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 294 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  80.97 
 
 		 294 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  81.31 
 
 		 294 aa  484  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  79.09 
 
 		 302 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  78.31 
 
 		 315 aa  474  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  69.53 
 
 		 292 aa  415  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 299 aa  303  4.0000000000000003e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  45.59 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  43.96 
 
 		 302 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  44.69 
 
 		 287 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  44.48 
 
 		 293 aa  252  6e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  45.22 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 293 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 293 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 293 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 293 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 293 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  44.44 
 
 		 375 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  44.13 
 
 		 303 aa  249  5e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 293 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  43.27 
 
 		 293 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 278 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 286 aa  227  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  40 
 
 		 284 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  40.15 
 
 		 285 aa  195  8.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  40.3 
 
 		 285 aa  195  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  39.41 
 
 		 285 aa  193  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 278 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 280 aa  190  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  38.02 
 
 		 277 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 285 aa  179  7e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3836  RpiR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 277 aa  173  5e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0075  transcriptional regulator RpiR family  37.22 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0712  SIS domain-containing protein  38.55 
 
 		 256 aa  164  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  152  8.999999999999999e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2326  RpiR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 280 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  30.48 
 
 		 291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  30.48 
 
 		 291 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  26.12 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  31.27 
 
 		 285 aa  114  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  28.2 
 
 		 297 aa  109  8.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  29.12 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  27.76 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.76 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  27.76 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.76 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.76 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0770  RpiR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 286 aa  106  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666696  hitchhiker  0.00646712 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  27.76 
 
 		 286 aa  106  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  27.76 
 
 		 286 aa  106  7e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 286 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 286 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 286 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 284 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4354  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.339513  unclonable  0.00000424592 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3693  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 286 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00637499  normal  0.371267 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  24.8 
 
 		 287 aa  100  4e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  28.33 
 
 		 310 aa  98.2  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 291 aa  97.1  4e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 291 aa  97.1  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  27.78 
 
 		 284 aa  96.3  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 305 aa  96.3  7e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4614  transcriptional regulator, RpiR family  30.12 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427157  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4736  RpiR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1253  RpiR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0224504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2002  RpiR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1042  RpiR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 301 aa  90.1  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 286 aa  87.8  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3346  transcriptional regulator, RpiR family  23.77 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3669  transcriptional regulator, RpiR family  24.53 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  21.84 
 
 		 282 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 326 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  23.42 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0081  hypothetical protein  23.33 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0407866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  28.03 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  25.09 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  24.6 
 
 		 331 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 324 aa  76.3  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  25.27 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  29.22 
 
 		 329 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  25.27 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>